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2000年12月23日;259(1-2):245-52.
doi:10.1016/s0378-1119(00)00431-5。

使用BLAST识别期刊文章中的基因和蛋白质名称

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使用BLAST识别期刊文章中的基因和蛋白质名称

M Krauthammer先生等。 基因
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摘要

我们描述了一个自动识别期刊文章中基因和蛋白质名称的系统,这是蛋白质和基因作用知识提取的重要而非平凡的第一步。我们的系统使用基因和蛋白质名称数据库,并基于BLAST[Altschul等人,Nucleic Acids Res.25(1997)3389-3402],这是一种用于DNA和蛋白质序列比较的流行工具。我们描述了一种将文本字符序列映射为可由BLAST处理的核苷酸序列的方法。我们证明这种方法是可行的:系统匹配基因和蛋白质名称,召回率为78.8%,精确度为71.7%,其中包括不属于系统数据库的名称。对结果的分析表明,可以使用一些技术来进一步提高性能。

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