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自然。作者手稿;PMC 2010年10月15日发布。
以最终编辑形式发布为:
预防性维修识别码:项目经理2902243
NIHMSID公司:美国国立卫生研究院187228
PMID:20393554

国际癌症基因组项目网络

国际癌症基因组联合会*

关联数据

补充资料

摘要

国际癌症基因组联合会(ICGC)成立的目的是协调全球50种不同癌症类型和/或亚型的大规模癌症基因组研究,这些癌症类型和亚型具有临床和社会重要性。在基因组、表观基因组和转录组水平上对25000多个癌症基因组进行系统研究,将揭示致癌突变的全谱,揭示诱变影响的痕迹,确定预后和治疗管理的临床相关亚型,并促进新癌症疗法的发展。

所有癌症的基因组都积累了体细胞突变1这些包括核苷酸取代、小的插入和缺失、染色体重排和拷贝数变化,这些都会影响基因的蛋白质编码或调节成分。此外,与来自同一器官的非肿瘤组织相比,癌症基因组通常获得体细胞表观遗传“标记”,特别是CpG二核苷酸胞嘧啶甲基化状态的变化。

癌细胞体细胞突变的一个子集具有致癌特性,如生长优势、组织侵袭和转移、血管生成和避免凋亡2这些被称为“驱动”突变。驾驶员突变的识别将提供对癌症生物学的见解,并突出新的药物靶点和诊断测试。癌症突变的知识已经导致了特定治疗方法的发展,例如曲妥珠单抗治疗HER2/neu阳性乳腺癌和伊马替尼,以BCR-ABL酪氨酸激酶为靶点治疗慢性粒细胞白血病4,5癌症基因组中剩余的与癌症发展无关的体细胞突变被称为“乘客”。这些突变为癌症发展过程中的DNA损伤和修复过程提供了见解,包括外源性环境暴露6,7在大多数癌症基因组中,预计乘客突变以及多态性数据库中尚未编入目录的种系变异将大大超过驾驶员。

对肿瘤基因的大规模分析表明,癌症中的突变负荷丰富且异质8-13癌症基因组的初步调查已经证明,它们与识别新的癌症基因具有相关性,这些基因构成了多种癌症的潜在治疗靶点,包括PIK3CA14,巴西15,NF110、KDR10,PIK3R19组蛋白甲基转移酶和去甲基化酶16,17这些项目还发现了癌症突变与预后之间的相关性,例如几种类型的胶质瘤中的IDH1和IDH2突变13,18大规模并行测序技术的进展使整个癌症基因组测序成为可能19-22.

继英国全面癌症基因组项目(癌症基因组项目)启动后23和美国(癌症基因组图谱)24,癌症基因组科学家和资助机构于2007年10月在加拿大多伦多举行会议,讨论启动国际联合会的机会。其形成的关键原因是:(1)范围巨大;(2) 独立的癌症基因组计划可能导致工作重复或研究不完整;(3) 研究之间缺乏标准化可能会减少合并和比较数据集的机会;(4) 众所周知,世界上许多癌症的发病范围各不相同;(5) 一个国际财团将加速向用户群体传播数据集和分析方法。

成立了工作组,以制定战略和政策,作为参与国际GC的基础。联合体的目标(方框1)于2008年4月发布(http://www.icgc.org/files/icgc_April_29_2008.pdf). 自那时以来,工作组和初始成员项目进一步完善了国际合作的政策和计划。

方框1

ICGC的目标

  • 协调全球50种不同癌症类型和/或亚型中具有临床和社会重要性的肿瘤基因组异常(体细胞突变)综合目录的生成。
  • 通过定义每种肿瘤类型或亚型的目录来确保高质量,包括全系列的体细胞突变,如单核苷酸变异、插入、缺失、拷贝数变化、易位和其他染色体重排,并具有以下特征:
    • 全面性,发现大多数体细胞异常发生频率大于3%的癌症基因;
    • 高分辨率,理想情况下为单核苷酸水平;
    • 高质量,使用病理学和技术的通用标准;
    • 来自匹配非肿瘤组织的数据,以区分体细胞和遗传序列变异和畸变;
    • 生成来自相同肿瘤的转录组和表观基因组数据集的补充目录。
  • 尽可能快地将数据提供给整个研究社区,并在限制最小的情况下,加快癌症病因和控制的研究。
  • 协调研究工作,以解决个体参与者、自组织财团、资助机构和国家的利益和优先事项,包括利用疾病负担和尽量减少肿瘤分析工作中不必要的冗余。
  • 支持传播与新技术、软件和方法相关的知识和标准,以促进与全球癌症研究人员的数据集成和共享。

生物伦理框架

ICGC成员同意将同意作为成员资格的先决条件的一套核心生物伦理要素(方框2). 道德和政策委员会为ICGC项目的样本和数据的前瞻性收集和回顾性使用创建了患者同意模板。项目具体要求和国家法律框架之间的差异可能需要进行一些地方修正,同时仍然反映了国际GC的核心原则。

方框2

核心生物伦理要素

对于前瞻性研究ICGC成员应向潜在参与者传达:

  • ICGC是世界各地正在进行的相关科学研究项目之间的协调工作
  • 参加国际GC及其组成项目是自愿的
  • 收集的样本和数据将用于癌症研究,其中可能包括全基因组测序
  • 患者的护理不会受到其参与决策的影响
  • 收集的样品数量有限;对它们的访问将受到严格控制,并将取决于ICGC-member项目的政策和实践。为了进行质量控制研究,至少有一小部分样品可以与其他国家的实验室共享
  • ICGC成员收集的样本和生成的数据所产生的数据将通过开放或受控访问数据库提供给ICGC成员和其他国际研究人员,其条款和条件将最大限度地保护参与者的机密性
  • 访问数据和样本的研究人员将被要求确认他们不会试图重新识别参与者
  • 从数据库上可用的数据中识别存在远程风险
  • 一旦数据被放置在开放的数据库中,这些数据以后就不能撤回
  • 在受控访问数据库中,可以识别个人身份的(本地)数据链接将在撤回时被销毁。将继续使用以前分发的数据
  • ICGC成员同意不对主要数据的可能IP提出索赔
  • 最终商业产品的利润将不会退还给捐献样本的受试者

对于回顾性研究上述指南保持不变,但如果患者不再是患者,则不会担心参与会影响他们的护理。

对于涉及以下内容的研究死者的样本和数据:

  • 在法律或道德要求的情况下,如果要使用死者的样本和数据,则应始终获得死者家属的同意;然而,如果不需要重新同意,道德审查就足够了
  • 建议使用现有样本和数据收集的所有研究均应寻求道德委员会审查
  • 现有的收藏品是一种有限而宝贵的资源;对它们的访问将受到严格控制。

用于研究使用匿名样本,在某些司法管辖区可能需要进行道德审查。

ICGC认识到保护参与者的个人数据和共享这些数据以加速癌症研究之间的微妙平衡。已经制定了尊重捐赠者权利的数据访问政策,同时允许在广泛的研究群体中以道德的方式共享来自样本的ICGC数据。已经实现了两个访问级别。对于无法用于识别个人的数据,“开放访问”数据集是公开可用的。这些数据包括性别、年龄范围、组织学、标准化基因表达值、表观遗传数据集、体细胞突变、种系数据摘要和研究方案。“受控访问”数据集包含生殖系基因组数据和详细的临床信息,这些数据与个人标识符已被删除的唯一个人相关。要访问受控数据集,研究人员必须联系数据访问合规办公室(DACO)寻求授权(http://www.icgc.org/daco). 独立的国际数据访问委员会(IDAC)监督DACO的工作,并协助解决出现的问题。

病理学与临床注释

人类肿瘤的大规模基因组研究依赖于新鲜冷冻肿瘤组织的可用性。为了解决满足ICGC标准的样品不足的问题,许多项目已经开始收集高质量的源材料。因此,ICGC建议采用程序,以促进整个联合体样品处理的一致性,并确保一系列质量特征,如高组织完整性和肿瘤细胞含量。每个项目都需要包括不同的数据类型,例如环境暴露、参与者的临床病史、肿瘤组织病理学和临床结果。

肿瘤表现出相当大的临床和生物学异质性,导致了多种肿瘤分类。在ICGC内部,采取了特别措施来促进诊断的一致性。这些包括在研究相关肿瘤的小组之间协调诊断标准,以及由至少两名独立的参考病理学家审查所有样本的政策。此外,将存储进行诊断的染色肿瘤切片(或血液涂片或血液肿瘤细胞夹)的图像,并提供给社区。

虽然不同的肿瘤类型可能需要特定的肿瘤采集程序或临床和环境数据的汇编,但ICGC已经制定了关于使用通用定义和数据标准的指南。这将使ICGC数据用户能够识别肿瘤特异性分子变化与临床和组织病理学数据之间的相关性,包括预后、治疗反应预测和用于诊断的肿瘤分类方案。

研究设计和统计问题

要确定癌症相关基因,需要检测突变频率高于背景突变率的基因。鉴于已发现几个驱动基因在低频率下发生突变,ICGC将鉴定在特定亚型中至少3%的肿瘤中观察到的体细胞突变。ICGC确定每种肿瘤类型需要500个样本(尽管对于罕见的肿瘤类型,可能需要较小的样本量)。实际上,给定肿瘤类型的异质性程度很难提前知道,因此一些特别异质的肿瘤类型可能需要更大的样本收集。

癌症基因组分析

来自整个癌症基因组的体细胞突变的高质量目录最终将成为ICGC标准。采用第二代技术的鸟枪测序可以检测与癌症相关的所有种类的体细胞突变。此外,如果覆盖水平足够,则可以获得单个癌症基因组体细胞突变的全面高质量目录,灵敏度>90%,特异性>95%。为了实现这一点,有必要对同一个体的癌症和正常组织的基因组进行测序,以区分种系变异。尽管已经生成了该标准的一些基因组,但成本和持续的技术发展将意味着将对基因组中信息特别丰富的部分进行中期分析,例如所有编码外显子和microRNA。

对于每个癌症基因组,体细胞突变目录将由关于CpG二核苷酸甲基化状态的全基因组信息进行补充。实现这一目标的最佳战略和技术尚不明确。此外,在可能的情况下,个别癌症的基因组将伴随着转录组的分析。尽管传统的基于阵列的方法目前占主导地位,但RNA测序最好成为标准,因为测序具有更大的动态范围25并提供包括新转录物和序列变体在内的附加信息26.

ICGC数据集

联合体的分布式性质加上数据集的巨大规模,使得将所有数据存储在单个集中存储库中变得很麻烦。为此,ICGC采用了一种“特许经营”数据库模型来整合信息并向公众开放。在这种模式下,每个成员项目在进行质量检查后,通过将其复制到其本地特许经营数据库来发布肿瘤信息。每个专营权数据库共享一个描述样本、相关临床信息及其基因组特征数据的通用模式。ICGC主要数据文件,包括测序痕迹,被发送到国家生物技术信息中心(NCBI)和/或欧洲生物信息学研究所(EBI)存档,而解释数据集,如体细胞突变调用,被存储在特许数据库中。ICGC特许经营数据库和门户网站使用BioMart27是一种数据联合技术,最初开发用于Ensembl28,自被多模型生物和基因组数据库采用以来。ICGC数据流的管理由位于安大略省癌症研究所的ICGC数据协调中心(DCC)负责。

DCC还运营ICGC数据门户,允许研究人员访问ICGC数据的开放和受控访问部分。该门户提供了多种用户界面,从简单的面向基因的查询(“显示所有癌症的PIK3R1中识别的所有非沉默编码突变”)到集成基因组、临床、,和功能信息(“向我展示III期乳腺癌中缺失的toll受体通路的所有成员。”)。这些查询将以用户不可见的方式分布在特许经营数据库中。该门户还将提供到NCBI和EBI的主要文件的链接,用于生成表格报告的接口,通用生物信息学格式的数据转储,以及其他可视化,包括基因组浏览器轨迹、路径图和生存曲线。门户可通过以下链接访问:网址:http://www.icgc.org.

在本出版物出版时,将通过国际癌症控制委员会门户网站提供以下癌症和参考数据集:

  • ICGC成员发布的乳腺癌(英国)、肝癌(日本)和胰腺癌(澳大利亚和加拿大)的初步数据;
  • 转移性黑色素瘤细胞系(COLO829)的全基因组数据集6;
  • 卵巢多形性胶质母细胞瘤(GBM)和浆液性囊腺癌TCGA开放数据集(见下文);
  • 68例乳腺癌、结直肠癌、胰腺癌和GBM患者的全外显子体细胞突变数据11-13;
  • 与人类参考基因组的链接(http://www.genomereference.org/)和GENCODE项目的基因注释(http://www.sanger.ac.uk/gencode网站/)其中包括CCDS基因集29;
  • 到dbSNP的链接30和HapMap31数据库,提供对参考人群样本中常见变异模式的访问;
  • Reactome链接32,人类生物途径的精选数据库;
  • 一组参考基因模型,来自ENSEMBL28.

当前版本的门户网站通过交互式查询和批量下载数据文件,为开放存取数据层提供了一个入口点。我们预计,在2010年中期,开放存取和受控数据都将可用。

ICGC最近成立了一个生物信息学分析工作组,以比较管道、分析方法、算法内部和算法之间的一致性,并为联盟制定指导方针或最佳实践。随着时间的推移,将部署大量资源来制定策略,分析ICGC成员项目生成的大型复杂数据集,并通过将其与其他生物和流行病学数据集集成,提供癌症基因组数据的增值视图。

数据发布和IP策略

ICGC的数据发布政策旨在实现公共利益最大化,同时保护样本捐赠者及其亲属的利益和权利。根据《多伦多声明》,ICGC成员承诺遵守快速数据发布原则(使用适当的受控访问机制)33ICGC成员鼓励科学界不受任何限制地使用针对特定基因和突变的任何数据。为了让ICGC成员有机会首先从他们生成的数据集发布全球分析,联合体还同意,成员项目可以规定一些条件,包括要求其他数据用户避免发布全球分析的时限(由几个ICGC成员项目定义为100个肿瘤和匹配的对照),这一规定被称为“暂停发布”。为了给数据集分析和提交出版留出时间,ICGC成员在发布的数据集达到指定阈值后最多有一年的时间,第三方才能提交描述全球分析的手稿。有关数据生产者、用户和审查者的数据发布指南的更多详细信息,请参阅网址:http://www.icgc.orgICGC数据的用户应尊重这些条款,并引用本手稿和出版前数据的来源,包括数据集的版本。如果存在不确定性,鼓励使用ICGC数据的科学家联系成员项目,讨论出版计划。

ICGC成员认为,如果数据在没有专利限制的情况下仍然可以公开访问,那么将实现最大的公共利益,因此不会对来自原始数据(包括体细胞突变)的可能知识产权(IP)提出任何索赔。ICGC数据的用户(包括ICGC成员)可以选择进行进一步研究,并对这些下游发现行使其知识产权。如果发生这种情况,用户应该实施许可政策,而不妨碍进一步的研究。

初始ICGC项目

目前,九个国家和两个欧洲财团在ICGC的保护下启动了癌症基因组项目。初始项目,列在在线表格本文将分析全球和整个人体内发现的影响多种器官的肿瘤类型,包括血液、大脑、乳腺、肾脏、肝脏、胰腺、胃、口腔和卵巢。随着时间的推移,ICGC将调查成人和儿童中50种或更多类型和亚型的癌症。对于具有多种亚型的肿瘤,分析应侧重于根据病理、分子、病因或地理差异定义的亚型。由于突变谱可能因人群而异,预计一些癌症类型将在世界不同地区进行平行研究。该财团已经能够协调分析不同国家类似癌症的初始项目,在某些情况下,还可以重新分配资源以启动新项目。

癌症基因组图谱(TCGA)

TCGA是一个癌症基因组学综合项目,由美国国家癌症研究所和美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所联合支持和管理。TCGA于2006年开始,作为一个试点项目,重点关注三个项目,即多形性胶质母细胞瘤(GBM)、卵巢浆液性囊腺癌和肺鳞癌,并于最近扩展,在未来两年内为至少10种其他癌症生成综合基因组数据集。鉴于TCGA在启动ICGC方面的贡献,以及合作确保其政策(发布于网址:http://cancergenes.nih.gov)TCGA与ICGC的成员进行协调,TCGA参与ICGC被视为等同于正式成员的参与。然而,TCGA目前无法正式加入ICGC,因为美国存在与受控访问数据分发机制相关的技术和法律问题,尽管这些数据可直接从http://cancergenome.nih.gov/dataportal国家卫生研究院正在审查与受控访问数据集分布相关的政策,目的是使研究人员能够跨数据库进行集成和分析,例如,使用ICGC采用的特许经营模式。与此同时,TCGA正在确保项目得到协调,数据集与联合体的数据集兼容。

ICGC未来十年

世界各地影响患者的大部分常见癌症已经或将很快被选中进行全面的癌症基因组研究。需要进一步努力利用支持和专业知识来应对剩余的肿瘤类型,包括罕见癌症。ICGC的挑战是艰巨的,这是由于该倡议的范围、癌症异质性所固有的复杂性以及当前技术的局限性,无法提供肿瘤细胞中高度重排染色体的精确长程组装。这些挑战突显了在未来十年继续进行国际协调和科学界进一步参与的重要性。

走向临床应用

ICGC目录预计将呈指数级增长,在癌症研究界将具有直接的相关性。体细胞突变生物学的早期研究将来自基于细胞的肿瘤和动物模型的功能研究。与具有重要临床数据的注册或临床试验相关的回顾性肿瘤库中的突变筛查将揭示体细胞突变作为预后或药物反应生物标记物的潜在临床效用。ICGC项目确定的种系变异可能有助于发现易诱发家族性恶性肿瘤的基因,如PALB2和胰腺癌12,34RNAi或小分子文库的高通量筛选,以及现有模型系统的改编,将在提炼潜在的治疗候选物以供进一步研究方面发挥重要作用35.

将这些发现转化为临床实践需要更复杂的临床试验,这些试验考虑到表型细分的增加,额外的协调来识别具有相似特征的肿瘤受试者,以及增加生物标志物、基因组分析,信息学和其他技术在新疗法临床开发中的应用。鉴于相对低成本的基因组测序在揭示临床有用信息方面的巨大潜力,我们预计在不远的将来,部分或全部癌症基因组将例行测序,作为癌症患者临床评估的一部分,并作为其持续临床管理的一部分。癌症基因组研究成功而恰当地转化为临床实践将引发重要的社会和伦理问题。将肿瘤学家、生物统计学家、病理学家、遗传学家、,生物制药行业的决策者和成员通过制定新的政策和临床模式来迎接这一挑战,这些新政策和临床范式能够将许多新的生物标记物和癌症靶点快速转化为新的临床测试和治疗干预,从而使癌症患者受益。

补充材料

单击此处查看。(63K,xls)

致谢

我们感谢慷慨捐赠样本和数据的研究参与者,以及为样本注释和收集做出贡献的医生和临床人员。本文在线附带了支持ICGC项目的组织的完整列表。

截至2010年3月10日ICGC标记论文作者列表

国际癌症基因组联盟(首先列出项目负责人和委员会主席,并指定星号;其他主要研究人员和合作者按字母顺序或项目负责人指定的顺序列出)。

执行委员会

托马斯·哈德森*1,2沃威克·安德森阿克塞尔·阿雷茨4,安娜·D·巴克5,辛迪·贝尔6罗莎·伯纳贝7,M.K.Bhan8、法比安·卡尔沃9伊罗·埃罗拉10,Daniela S.Gerhard5阿兰·古特马赫11,Mark Guyer12菲奥娜·海姆斯利13詹妮弗·詹宁斯(Jennifer L.Jennings)1,David Kerr14,15,彼得·克拉特7帕特里克·科拉尔10,Jun Kusuda16,大卫·P·莱恩13,弗兰克·拉普拉斯17、陆友勇18Gerd Nettekoven19布拉德·奥森伯格(Brad Ozenberger)12,简·彼得森12、T.S.Rao8雅克·雷马克10,Alan J.Schafer20,柴田达弘21迈克尔·斯特拉顿22,约瑟夫·沃克利5渡边光一23、杨焕明24,Matthew M.F.Yuen25.

道德和政策委员会

巴萨·M·克诺佩斯*26,马丁·博布罗27安妮·坎本·汤姆森28林恩·德雷斯勒(Lynn G.Dressler)29,斯蒂芬妮·O.M.戴克22,Yann Joly26,加藤30,凯伦·肯尼迪22Pilar Nicolás31迈克尔·帕克32艾曼纽尔·里亚尔·塞巴格(Emmanuelle Rial-Sebbag)28卡洛斯·罗梅奥·卡萨博纳31,Kenna M.Shaw5,苏珊·华莱士26乔治亚·L·威斯纳33,34、Nikolajs Zeps35,36.

组织和临床注释工作组

彼得·利希特*37安德鲁·比安金(Andrew V.Biankin)38,39,克里斯蒂安·查巴农9,40、琳达·琴41,42布鲁诺·克莱门特43恩里克·德·阿拉瓦44,弗朗索瓦斯·德戈斯45,马丁·L·弗格森46,彼得·盖里47,D.Neil Hayes48,托马斯·哈德森1,2,Amber L.Johns38阿雷克·卡斯普日克1中川英明49,罗伯特·彭尼50米盖尔·皮利斯51拉吉夫·萨林52阿尔多·斯卡帕53,54,柴田达弘21马克·范·德·维杰弗(Marc van de Vijver)55,56.

技术工作组

迈克尔·斯特拉顿*22,Hiroyuki Aburatani57莫尼卡湾58,59,David D.L.Bowtell60,61,Peter J.Campbell22,62,Xavier Estivill58,59,P.Andrew Futreal22,Daniela S.Gerhard5肖恩·格里蒙德63、伊沃·古特64,马丁·赫斯特65卡洛斯·洛佩斯·奥廷66,Partha Majumder67马可·马拉65约翰·麦克弗森1,68中川英明49、泽民宁22,Xose S.Puente66、阮怡君69,柴田达弘21亨德里克·斯登伯格(Hendrik G.Stunnenberg)70哈罗德·斯威德洛22维克托·维库列斯库71,理查德·K·威尔逊72,73,Hong H.Xue74,75、刘洋76.

生物信息学分析工作组

保罗·T·斯佩尔曼*77加里·巴德78,79保罗·布特罗斯1,Peter J.Campbell22,62,保罗·弗利克80加德·盖兹81,罗德里克·吉戈82、郭光武24,大卫·豪斯勒83,西蒙·希思64蒂姆·J·哈伯德22,陶江24,史蒂文·琼斯65,李启斌24努里亚·洛佩斯·比加斯84、罗瑞邦24Lakshmi Muthuswamy先生1,B.F.Francis Ouellette1约翰·皮尔逊63,Xose S.Puente66维克托·奎萨达66本杰明·拉斐尔85,克里斯·桑德86,柴田达弘21,Terence P.速度87,88,Lincoln D.Stein1,Joshua M.Stuart89,Jon W.Teague22、Totoki Yasushi21,津田达彦49阿方索·巴伦西亚90,David A.Wheeler91、吴洪龙24、赵善岑24,周光宇24.

数据协调和管理工作组

林肯·D·斯坦*1,罗德里克·吉戈82蒂姆·J·哈伯德22,Yann Joly26,史蒂文·琼斯65阿雷克·卡斯普日克1,标记Lathrop64,92努里亚·洛佩斯·比加斯84,B.F.Francis Ouellette1,Paul T.Spellman77,Jon W.Teague22,Gilles Thomas93,94阿方索·巴伦西亚90,吉田泰彦21.

数据发布、数据层和出版物工作组

凯伦·肯尼迪*22、迈尔斯·阿克斯顿95,斯蒂芬妮·O.M.戴克22,P.Andrew Futreal22,Daniela S.Gerhard5,克里斯·冈特96,Mark Guyer12,托马斯·哈德森1,2约翰·麦克弗森1,68,琳达·J·米勒97布拉德·奥森伯格(Brad Ozenberger)12,Kenna M.Shaw5.

数据协调中心

阿雷克·卡斯普日克*1,Lincoln D.Stein*1,张俊军1,Syed A.Haider98王建新1,Christina K.Yung1安东尼·克罗斯1、永亮1,Saravanamutu Gnaneshan1,乔纳森·古伯曼1、徐杰客1.

国际数据访问委员会

马丁·博布罗*27,Don R.C.Chalmers99,卡尔·W·哈塞尔6,Yann Joly26,Terry S.H.Kaan100,凯伦·肯尼迪22,Bartha M.Knoppers26威廉·劳伦斯101托鲁·马苏伊16Pilar Nicolás31艾曼纽尔·里亚尔·塞巴格(Emmanuelle Rial-Sebbag)28劳拉·莱曼·罗德里格斯12凯瑟琳·弗格利(Catherine Vergely)102,吉田泰彦21.

澳大利亚–胰腺癌(导管腺癌)和卵巢癌(浆液腺癌)

肖恩·格里蒙德*63安德鲁·比安金(Andrew V.Biankin)38,39,David D.L.Bowtell60,61尼科尔·科洛南63,安娜·德法齐奥103,104詹姆斯·埃什勒曼(James R.Eshleman)105达里乌什·埃特马莫格哈达姆(Dariush Etemadmoghadam)60,61,布鲁克·A·加德纳63詹姆斯·肯奇(James G.Kench)38,106阿尔多·斯卡帕53,54罗伯特·萨瑟兰38,玛格丽特·坦佩罗107,尼古拉·沃德尔63,彼得·威尔逊63.

加拿大-胰腺癌(导管腺癌)

约翰·麦克弗森*1,68,史蒂夫·加林格108,109、曹明声110,111,帕特里夏·A·肖112,格洛丽亚·M·彼得森113,Debabrata Mukhopadhyay114、琳达·琴41,42罗纳德·德皮尼奥41,115,莎拉·塞耶116Lakshmi Muthuswamy先生1卡姆兰·沙赞1蒂莫西·贝克1,Michelle Sam1、Lee Timms1瓦妮莎·巴林1.

中国-胃癌(肠型和弥漫型)

陆友勇*18、加福记18、张秀清24、冯晨18胡雪达24、广州24,祁阳24、耿添24,张连海18、Xiaofang Xing18,李向红18、朱正刚117、Yingyan Yu117、于军118、杨焕明24.

欧盟/法国-肾癌(肾细胞癌;关注但不限于透明细胞亚型)

马克·拉思罗普*64,92,Jörg Tost64,92,保罗·布伦南119伊万娜·霍尔卡托娃120,大卫·扎里泽121Alvis Brazma公司80,拉尔斯·埃格瓦德122埃戈尔·普罗霍楚克123罗萨蒙德·伊丽莎白·班克斯124马蒂亚斯·乌伦125,安妮·坎本·汤姆森28,朱里斯·维克斯纳126弗雷德里克·蓬顿127康斯坦丁·斯克里亚宾128.

欧盟/英国-乳腺癌(ER+HER导管型扩增定义的亚型)

迈克尔·斯特拉顿*22,P.Andrew Futreal22,伊万·伯尼80,阿克·博格129,Anne-Lise Borresen-Dale130,131卡洛斯·卡尔达斯132约翰·福肯斯133、桑查·马丁22Jorge S.Reis-Filho先生134安德烈亚·理查森135,136克里斯托斯·索蒂里奥137亨德里克·斯登伯格(Hendrik G.Stunnenberg)70,Gilles Thomas93,94马克·范·德·维杰弗(Marc van de Vijver)55,56劳拉·范特维尔55.

法国–乳腺癌(HER2基因扩增定义的亚型)

法比安·卡尔沃*9,丹尼尔·伯恩鲍姆40,海尔·布兰奇92帕斯卡·鲍彻9桑德琳·博约特(Sandrine Boyault)138,克里斯蒂安·查巴农9,40、伊沃·古特64,Jocelyne D.Masson-Jacquemier40,Mark Lathrop64,92艾丽斯·鲍波特9、Xavier Pivot139安妮·文森特·萨洛蒙140,埃里克·塔博内138,查尔斯·泰勒特141,Gilles Thomas93,94,Jörg Tost64,92伊莎贝尔·特里勒138.

法国-肝癌(肝细胞癌;继发于酒精和肥胖)

法比安·卡尔沃*9Paulette Bioulac-Sage公司142布鲁诺·克莱门特43托马斯·迪肯斯143,144弗朗索瓦斯·德戈斯45多米尼克·弗兰科145、伊沃·古特64,玛尔塔·古特92,西蒙·希思64,Mark Lathrop64,92,迪迪埃·塞缪尔146,147,Gilles Thomas93,94杰西卡·祖克曼·罗西148.

德国-儿童脑肿瘤(髓母细胞瘤、儿童毛细胞星形细胞瘤)

彼得·利希特*37罗兰·艾尔斯*37,149,Benedikt Brors37,Jan O.Korbel80,150安德烈·科尔舒诺夫151巴勃罗·兰德格拉夫152,汉斯·莱赫拉赫153斯特凡·普菲斯特37,154伯恩哈德·拉德维默37吉多·雷芬伯格155,迈克尔·D·泰勒156,157克里斯托夫·冯·卡勒158,159.

印度-口腔癌(牙龈溃疡)

Partha P.Majumder公司*67拉吉夫·萨林52、T.S.Rao8,M.K.Bhan8.

意大利–罕见胰腺肿瘤(肠胰腺内分泌肿瘤和罕见胰腺外分泌肿瘤;导管内乳头状黏液肿瘤、实性假乳头状肿瘤、黏液囊性肿瘤和其他罕见肿瘤)

阿尔多·斯卡帕*53,54保罗·佩德佐利160,丽塔·T·劳勒54马西莫·德尔顿161阿尔贝托·巴德利162,163,安德鲁·V·比安金38,39,肖恩·格里蒙德63,托马斯·格雷斯164,大卫·克里姆斯特拉165朱塞佩·赞博尼53.

日本-肝癌(肝细胞癌;病毒相关)

柴田达弘*21中村由介49,166,中川秀和49,Jun Kusuda16,津田达彦49,宫野佐夫166,Hiroyuki Aburatani57,加藤30藤本明弘49,吉田泰彦21.

西班牙-慢性淋巴细胞白血病(IgVH突变和未突变)

埃利亚斯·坎波*167卡洛斯·洛佩斯·奥廷66,Xavier Estivill58,59,罗德里克·吉戈82Silvia de Sanjosé168米盖尔·皮利斯51埃米利·蒙特塞拉特167马科斯·冈萨雷斯-迪亚斯44,Xose S.Puente66佩德罗·贾尔斯167阿方索·巴伦西亚90,海因茨·希梅尔鲍58维克托·奎萨达66西尔维娅·比娅167.

英国-乳腺癌(三阴性/小叶性/其他)

迈克尔·斯特拉顿22,P.Andrew Futreal22,Peter J.Campbell22,62安妮·文森特·萨洛蒙140安德烈亚·理查森135,136Jorge S.Reis-Filho先生134马克·范·德·维杰弗(Marc van de Vijver)55,56,吉勒·托马斯93,94,Jocelyne D.Masson Jacquemier40塞缪尔·阿帕里西奥169,阿克·博格129,Anne-Lise Borresen-Dale130,131卡洛斯·卡尔达斯132约翰·福肯斯133亨德里克·斯登伯格(Hendrik G.Stunnenberg)70,Laura van’t Veer55道格拉斯·F·伊斯顿170,Paul T.Spellman77、桑查·马丁22.

美国——癌症基因组图谱

癌症基因组图谱研究网络。

初始科学规划委员会

托马斯·哈德森*1,2、琳达·琴*41,42,Bartha M.Knoppers*26埃里克·S·兰德*81,彼得·利希特*37,Lincoln D.Stein*1迈克尔·斯特拉顿*22沃威克·安德森,安娜·D·巴克5,辛迪·贝尔6,马丁·博布罗27、怀利·伯克171,弗朗西斯·柯林斯172卡罗琳·康普顿5罗纳德·德皮尼奥41,115道格拉斯·F·伊斯顿170,P.Andrew Futreal22,Daniela S.Gerhard5,Anthony R.Green173,Mark Guyer12斯坦利·汉密尔顿174蒂姆·J·哈伯德22,Olli P.Kallioniemi175,卡伦·L·肯尼迪22,Timothy J.Ley72,176,爱迪生·T·刘69、陆友勇18,Partha Majumder67马可·马拉65布拉德·奥森伯格(Brad Ozenberger)12,简·彼得森12,Alan J.Schafer20,Paul T.Spellman77亨德里克·斯登伯格(Hendrik G.Stunnenberg)70,Brandon J.Wainwright177,理查德·威尔逊72,73、杨焕明24.

脚注

1加拿大安大略省癌症研究所,多伦多,ON M5G 0A3。

2多伦多大学医学生物物理和分子遗传学系,多伦多,ON M5S 1A1,加拿大。

澳大利亚首都区堪培拉国家卫生和医学研究委员会,邮编:2601。

4项目管理机构,德国航空航天中心(DLR),53175波恩,德国。

5美国国立卫生研究院国家癌症研究所,马里兰州贝塞斯达,邮编:20892。

6Genome Canada,渥太华,ON K2P 1P1,加拿大。

7科学和创新部研究国务秘书处,28027马德里,西班牙。

8印度政府科学技术部生物技术司,新德里,110003,印度。

9法国布洛涅-比兰科特国立癌症研究所,92513。

10比利时布鲁塞尔B-1049欧洲委员会健康研究理事会基因组和系统生物学部。

11尤妮斯·肯尼迪·施莱弗国家儿童健康和人类发展研究所,美国国家卫生研究院,马里兰州贝塞斯达,邮编:20892。

12美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所,马里兰州贝塞斯达,邮编:20892。

13英国癌症研究中心,英国伦敦WC2A 3PX。

14卡塔尔基金会Sidra医疗和研究中心,卡塔尔多哈。

15英国牛津大学临床药理学系,牛津OX2 6HE。

16日本大阪茨城国立生物医学创新研究所,邮编:567-0085。

17德国柏林11055,联邦教育和研究部分子生命科学司。

18北京大学肿瘤学院北京肿瘤研究所和医院,中国北京,100142。

19德国癌症援助,53113波恩,德国。

20Wellcome Trust,英国伦敦NW1 2BE。

21日本东京中央区国家癌症中心研究所104-0045。

22Wellcome Trust Sanger Institute,英国剑桥CB10 1SA Hinxton。

23横滨研究所,日本神奈川230-0045横滨RIKEN。

24BGI-中国广东省深圳市,邮编:518083。

25香港科技大学,中国香港。

26麦吉尔大学基因组学与政策中心和魁北克省Génome创新中心,蒙特利尔,QC H3A 1A4,加拿大。

27英国剑桥大学剑桥医学研究所医学遗传学系,剑桥CB2 0XY。

28法国图卢兹,31073,INSERM,U558。

29北卡罗来纳大学药学院,药物基因组学和个体化治疗研究所药物结果和政策部,美国北卡罗来那州教堂山,邮编27599。

30日本京都606-8501京都大学生物研究生院人文研究所、综合细胞材料科学研究所。

31西班牙毕尔巴鄂德乌斯托大学法律与人类基因组跨大学主席,48007比兹凯亚。

32英国牛津大学Ethox中心,牛津OX3 7LF。

33美国俄亥俄州克利夫兰凯斯西储大学遗传学系44106。

34美国俄亥俄州克利夫兰大学医院病例医学中心人类遗传学中心,44106。

35澳大利亚西澳大利亚州苏比亚科圣约翰病理学,邮编:6008。

36澳大利亚西澳大利亚州奈德兰市西澳大利亚大学外科、病理学和实验医学学院,邮编:6009。

37德国海德堡69120德国癌症研究中心。

38澳大利亚新南威尔士州悉尼市达林赫斯特新南威尔斯大学加文医学研究所,2010年。

39澳大利亚新南威尔士州悉尼市班克斯敦,班克斯敦医院外科,邮编:2200。

40法国马赛Paoli-Calmetets学院,13273年。

41美国马萨诸塞州波士顿Dana-Farber癌症研究所Belfer应用癌症科学研究所,邮编02115。

42哈佛医学院皮肤科,美国马萨诸塞州波士顿02115。

43法国雷恩35043,INSERM,U991。

44西班牙萨拉曼卡大学萨拉曼卡医院大学研究中心血液科,37007。

45Hópital Beaujon,92110 Clichy,法国。

46MLF Consulting,美国马萨诸塞州阿灵顿,邮编02474。

47加拿大肿瘤知识库网络,加拿大明尼苏达州温尼伯R3M 0V5。

48美国北卡罗来纳州教堂山北卡罗莱纳大学Lineberger综合癌症中心医学肿瘤科内科,邮编:27599。

49日本神奈川230-0045横滨日清基因组医学中心。

50国际基因组学联合会,美国亚利桑那州凤凰城85004。

51分子病理学项目,西班牙国家癌症研究中心(CNIO),28029马德里,西班牙。

52印度马哈拉施特拉邦新孟买哈尔哈尔塔塔纪念中心癌症治疗、研究和教育高级中心,邮编:410210。

53意大利维罗纳大学病理学系,邮编:37134。

54癌症应用研究中心(ARC-NET),维罗纳大学医院,意大利维罗纳37134。

55荷兰癌症研究所,1066 CX阿姆斯特丹,荷兰。

56荷兰阿姆斯特丹AZ 1015号学术医疗中心。

57日本东京大学先进科学技术研究中心,东京明珠区,东京153-8904。

58西班牙巴塞罗那蓬佩法布拉大学基因组调控中心,08003。

59公共卫生和流行病学网络生物医学研究中心(CIBERESP),巴塞罗那,08003加泰罗尼亚,西班牙。

60Peter MacCallum癌症中心,澳大利亚维多利亚州墨尔本,邮编3002。

61澳大利亚维多利亚州帕克维尔墨尔本大学生物化学和分子生物学系3010。

62英国剑桥大学血液学系,剑桥CB2 2XY。

63昆士兰大学分子生物科学研究所昆士兰医学基因组中心,澳大利亚昆士兰4067,布里斯班。

64CEA/DSV/IG-Centre National de Genotypage,91057 Evry,法国。

65加拿大的迈克尔·史密斯基因组科学中心,不列颠哥伦比亚省癌症局,加拿大不列颠斯哥伦比亚省温哥华市V5Z 1L3。

66西班牙奥维耶多大学肿瘤学研究所生物与生物分子部,邮编:33006。

67印度西孟加拉邦卡利亚尼国家生物医学基因组研究所,邮编741251。

68多伦多大学医学生物物理系,多伦多,ON M5S 1A1,加拿大。

69新加坡基因组研究所,科学、技术和研究机构,新加坡138672,新加坡。

70奈梅亨分子生命科学中心,荷兰奈梅亨·拉德布德大学,6500 HB。

71美国马里兰州巴尔的摩市约翰·霍普金斯·金梅尔癌症中心路德维希癌症遗传学和治疗中心,邮编:21231。

72美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院基因组中心,邮编63108。

73美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学医学院Siteman癌症中心,邮编63108。

74香港科技大学霍英东研究生院应用基因组中心,中国香港。

75香港科技大学生物化学系,中国香港。

76浙江大学癌症研究所,310009杭州,中国。

77美国加州伯克利市劳伦斯伯克利国家实验室生命科学部,邮编94510。

78多伦多大学唐纳利细胞和生物分子研究中心,多伦多,ON M5S 3E1,加拿大。

79加拿大安大略省多伦多市多伦多大学Banting and Best医学研究部,邮编:M5S 3E1。

80欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息学研究所,英国剑桥CB10 1SD Hinxton。

81哈佛大学和麻省理工学院博德学院,美国马萨诸塞州剑桥02142。

82西班牙国家生物信息学研究所(INB)和基因调控中心,蓬佩法布拉大学,08003巴塞罗那,西班牙。

83美国加州大学圣克鲁斯分校霍华德·休斯医学研究所和生物分子科学与工程中心,圣克鲁斯,加利福尼亚州圣克鲁斯市,邮编:95064。

84西班牙巴塞罗那蓬佩法布拉大学实验与健康科学系生物医学信息学研究室,08003。

85美国罗得岛州普罗维登斯布朗大学计算机科学与计算分子生物学中心。

86美国纽约州纽约市斯隆-凯特琳纪念癌症中心计算生物学中心,邮编:10065。

87Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research,澳大利亚维多利亚州帕克维尔3052号。

88美国加州大学伯克利分校统计系,伯克利,CA 94720。

89加州大学圣克鲁斯分校生物分子工程系,美国加利福尼亚州圣克鲁斯市,邮编:95064。

90西班牙国家生物信息学研究所(INB)和结构生物学和生物计算计划,西班牙国家癌症研究中心(CNIO),28029马德里,西班牙。

91美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院人类基因组测序中心和分子与人类遗传学系,邮编77030。

92Jean Dausset基金会,Humain多样性练习中心,75010年,法国巴黎。

93法国维勒厄本克洛德·伯纳德·里昂大学(UniversityéClaude Bernard Lyon 1,69622 Villeurbane,France)。

94Synergie Lyon Cancer基金会,法国里昂,69008。

95自然遗传学,美国纽约州纽约市10013-1917。

96哈德逊阿尔法生物技术研究所,美国阿拉巴马州亨茨维尔,邮编35806。

97《自然与自然研究杂志》,纽约,NY 10013,美国。

98英国剑桥大学计算机实验室,剑桥CB3 0FD。

99澳大利亚塔斯马尼亚7001,霍巴特,塔斯马尼亚大学法学院。

100新加坡国立大学法学院,新加坡259776。

101健康研究伦理与政策顾问,34280 La Grande Motte,法国。

102ISIS 39 rue Camille Desmoulins,Institute Gustav Roussy,Pediatric Sce,94805 Villejuif,法国。

103澳大利亚新南威尔士州悉尼市维斯特米德医院妇科肿瘤科,邮编2145。

104澳大利亚新南威尔士州悉尼市维斯特米德市悉尼大学韦斯特米德癌症研究所,邮编:2145。

105索尔·戈德曼胰腺癌研究中心,约翰·霍普金斯医学院,美国马里兰州巴尔的摩,邮编21231。

106澳大利亚新南威尔士州悉尼市坎珀顿悉尼大学皇家阿尔弗雷德王子医院解剖病理科,2050年。

107美国加州大学旧金山分校海伦·迪勒家庭综合癌症中心,邮编:94115。

108多伦多综合医院普通外科,多伦多,安大略省M5G 2C4。

109萨缪尔·伦恩菲尔德研究所,多伦多,安大略省M5S 1A1,加拿大。

110加拿大安大略省安大略癌症研究所,多伦多大学健康网络,ON M5G 2M9。

111多伦多大学实验医学和病理生物学系,多伦多,ON M5S 1A1,加拿大。

112加拿大安大略省多伦多市大学卫生网络病理学系,邮编:M5G 2C4。

113美国明尼苏达州罗切斯特梅奥诊所健康科学研究部,邮编55905。

114美国明尼苏达州罗切斯特梅奥诊所生物化学和分子生物学系,邮编55905。

115哈佛医学院医学与遗传学系,美国马萨诸塞州波士顿02115。

116哈佛医学院外科,波士顿,马萨诸塞州02115,美国。

117上海市瑞金医院,上海交通大学医学院,上海200025,中国。

118香港中文大学消化疾病研究所,中国香港。

119国际癌症研究机构,法国里昂69372。

120捷克共和国布拉格查理斯大学第一医学院卫生与流行病学研究所,12108。

121俄罗斯联邦莫斯科115478,N.N.Blokhin俄罗斯癌症研究中心,流行病学和预防部。

122瑞典斯德哥尔摩SE-171 76号卡洛林斯卡大学医院卡罗林斯卡研究所。

123俄罗斯科学院生物工程中心,俄罗斯联邦莫斯科117312。

124英国利兹LS9 7TF圣詹姆斯大学医院利兹分子医学研究所英国癌症研究中心。

125瑞典斯德哥尔摩SE-100 44 KTH皇家理工学院生命科学实验室。

126拉脱维亚大学数学和计算机科学研究所,里加LV-1459,拉脱维亚。

127乌普萨拉大学,SE-751 05乌普巴拉,瑞典。

128俄罗斯联邦莫斯科库尔查托夫科学中心,邮编:123182。

129隆德大学肿瘤系,瑞典隆德SE-221 85。

130挪威奥斯陆大学医院放射性医院癌症研究所,0310奥斯陆。

131挪威奥斯陆0316奥斯陆大学医学院。

132剑桥大学肿瘤学系和英国剑桥研究院癌症研究所,英国剑桥CB2 0RE李嘉诚中心。

133鹿特丹伊拉斯谟医学中心肿瘤内科、约瑟芬·内夫肯斯研究所和癌症基因组中心,荷兰鹿特丹3015 CE。

134英国伦敦SW3 6JB癌症研究所突破乳腺癌研究中心。

135Dana-Farber癌症研究所,美国马萨诸塞州波士顿02115。

136美国马萨诸塞州波士顿市百翰女子医院病理科,邮编02115。

137比利时布鲁塞尔B-1000 Jules Bordet研究所。

138勒昂·贝拉德中心,法国里昂69373。

139Jean Minjoz医院,25030 Besançon,法国。

140居里研究所,75231巴黎,法国。

141法国蒙彼利埃奥雷勒·保尔·拉马尔克中心,34298。

142Hópital Pellegrin,33076波尔多,法国。

143Henri Mondor酒店,94010 Créteil,法国。

144U955,INSERM,94000 Créteil,法国。

145Hópital Antoine Béclère,92141 Clamart,法国。

146国际肝病中心,AP-HP Paul Brousse医院,法国维勒朱夫94800。

147U785,INSERM,94800 Villejuif,法国。

148法国巴黎75010 INSERM U674。

149BioQuant,海德堡大学,69120 Heidelberg,Germany。

150德国海德堡69126号欧洲分子生物学实验室基因组生物学单元。

151德国海德堡市海德堡大学医院神经病理科,邮编69120。

152德国杜塞尔多夫40225 Heinrich-Heine大学医院儿科肿瘤、血液学和免疫学诊所。

153马克斯·普朗克分子遗传学研究所,14195柏林,德国。

154德国海德堡市海德堡大学医院儿科血液学和肿瘤学系,邮编69120。

155德国杜塞尔多夫40001 Heinrich-Heine大学神经病理学研究所。

156加拿大安大略省多伦多市M5G 1X8病童医院神经外科。

157加拿大安大略省多伦多市拉巴特脑瘤研究中心,病童医院,邮编:M5G 1X8。

158德国海德堡国家肿瘤中心,69120。

159德国海德堡69120号德国癌症研究中心转化肿瘤科。

160意大利维罗纳大学医院信托外科,37134。

161意大利维罗纳大学生物技术系功能基因组中心,邮编:37134。

162意大利都灵大学癌症研究与治疗研究所分子遗传学实验室,邮编:10060。

163FIRC分子肿瘤学研究所,20139年,意大利米兰。

164德国马尔堡35043马尔堡大学消化、内分泌、代谢和感染学系。

165美国纽约州纽约市斯隆-凯特琳纪念癌症中心病理科,邮编:10065。

166日本东京大学医学科学研究所人类基因组中心,东京都Minato-ku,东京108-8639。

167西班牙巴塞罗那08036巴塞罗那大学Clinic医院。

168感染和癌症科,癌症流行病学研究计划,CIBER流行病学和Salud Püblica,加泰罗达肿瘤研究所-IDIBELL,08907 Hospitalet de Llobregat,西班牙。

169卑诗省癌症研究中心,卑诗省肿瘤机构,加拿大卑诗省温哥华V5Z 1L3。

170英国剑桥大学公共卫生、初级保健和肿瘤学系,剑桥CB1 8RN。

171美国西雅图华盛顿大学生物伦理与人文系,邮编98195。

172美国国立卫生研究院,马里兰州贝塞斯达,邮编:20892。

173剑桥大学医学研究所和血液学系,剑桥CB2 2XY,英国。

174德克萨斯大学安德森癌症中心病理学和实验医学,美国德克萨斯州休斯顿,邮编77030。

175芬兰赫尔辛基大学芬兰分子医学研究所,FIN-00290赫尔辛基,芬兰。

176华盛顿大学医学院医学系和遗传学系,圣路易斯,密苏里州63110。

177昆士兰大学分子生物科学研究所,布里斯班,昆士兰4072,澳大利亚。

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