CLIP-Seq服务

哺乳动物基因组编码1000多个RNA-结合蛋白(RBP),在RNA加工和代谢中发挥重要作用。RBP在基因表达的共转录和转录后调控的不同方面发挥作用。近年来,已有大量研究试图使用高通量方法识别和表征限制性商业惯例。

紫外线交联免疫沉淀结合高通量测序(CLIP-seq)是一种革命性的技术,可以表征RNA分子和RNA结合蛋白之间的相互作用体内主要原理是基于RNA分子及其结合蛋白在紫外线照射下可以稳定交联的事实。因此,我们可以使用针对RNA结合蛋白的特异性抗体沉淀RNA-蛋白复合物,然后回收RNA片段进行测序和分析。逆转录经常在蛋白-RNA交联位点中断。通过执行额外的适配器连接步骤,CLIP可用于在单核苷酸分辨率下识别转录组宽结合位点和结合基序。

CLIP-Seq的应用

  • 分析RNA-蛋白相互作用机制
  • 分析IncRNA/circRNA的功能机制
  • 分析microRNA-mRNA相互作用
  • 识别潜在的miRNA靶点
  • 定位RNA修改
  • 无需事先了解RNA
  • 全基因组RNA筛选

数据处理和分析

Creative BioMart对各种组学和其他生物数据集进行生物信息学分析和数据挖掘。我们协助研究人员将组学数据与临床信息相结合,并根据感兴趣的假设为这些数据开发分析模型。我们生物信息学服务的目标是帮助研究人员进行最前沿的生物信息学数据分析,而无需对实验室进行重大投资。您可以放心,您正在获得Creative BioMart提供的最佳实践。

工作流

CLIP-Seq服务

CLIP-Seq服务

CLIP-Seq的优点

  • 提高效率,减少PCR重复
  • 单核苷酸拆分
  • 低背景噪音
  • 交联可稳定蛋白质与靶点的结合
  • 紫外线交联可以在体内进行

CLIP-seq分析通常从一系列定义明确的处理步骤开始,但下游步骤需要定制,以专门解决生物学问题。这些问题可能因所研究的蛋白质而异,并且可能涉及以前从未涉及过的分析步骤。Creative BioMart拥有经验丰富的技术人员、配备超级计算设备的专业团队,能够提供完全定制的分析服务。

参考:

  1. 章子君和宜兴。CLIP-seq对多定位阅读的分析发现了人类转录组中新的功能性RNA调控位点。《核酸研究》,第45卷,第16期,2017年9月19日,第9260-9271页

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