msigdb公司

分子特征数据库（MSigDB）的ExperimentHub包

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包在R可访问对象中提供了分子特征数据库（MSigDB）。签名存储在GSEABase包的GeneSet类对象中，整个数据库存储在GeneSetCollection对象中。然后将这些数据托管在ExperimentHub上。本软件包中使用的数据来自Broad Institute的MSigDB。每个基因集的元数据与基因集一起存储在GeneSet类对象中。

作者：Dharmesh D.Bhuva[奥特，克]，戈登·斯迈思[aut]，亚历山德拉·加纳姆[aut]

维护人员：Dharmesh D.Bhuva<Bhuva.D at wehi.edu.au>

引文（从R中输入引文（“msigdb”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“msigdb”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“msigdb”）

msigdb公司	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	实验数据,实验中心,人乳头数据,Mus_肌肉_数据
版本	1.12.0
许可证	抄送4.0
取决于	R（>=4.1）
进口	实验中心，实用程序，GSEA基地,组织管理例会.db,组织Hs.eg.db,注释Dbi，方法，统计信息，批注中心
系统要求
统一资源定位地址	https://davislaboratory.github.io/msigdb网站
错误报告	https://github.com/DavisLaboratory/msigdb/issues网站

建议	单一得分,vissE（视觉系统E）,针织物,美女医生,仿生风格,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0),生物文件缓存,政府.db,字符串,利马
链接到
增强功能
取决于我
导入我	马斯特R,vissE（视觉系统E）
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	msigdb_1.12.0.tar.gz号
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msigdb
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/msigdb
包短Url	https://bioconductor.org/packages/msigdb/
软件包下载报告	下载统计信息