日本2024
JASPAR数据库的数据包（2024版）
生物导体版本：释放（3.19）
JASPAR公司(https://testjaspar.uio.no网站/)是一个广泛使用的开放存取数据库，提供了跨分类群的转录因子（TF）的高质量和非冗余的DNA结合图谱。在此次第10次发布和20周年纪念更新中，CORE系列增加了329个新配置文件。我们更新了三个现有配置文件，并为前一版本UNVALIDATED集合中的72个配置文件提供了正交支持。总之，JASPAR 2024更新使CORE概要文件比前一版本增加了20%。修剪算法通过删除低信息含量的侧翼碱基对来增强轮廓，这些碱基对对于TFBS预测和TF-DNA交互建模可能没有信息（在PFM模型的能力范围内）。此版本包括增强的元数据，对植物TF的结构DNA结合域进行了精细分类。新的JASPAR集合提示对8种生物体中预测的TF结合位点的基因组轨迹进行更新，在UCSC基因组浏览器中，人类和小鼠的轨迹可用作本地轨迹。所有数据都可以通过JASPAR网络界面获得，并通过其API和更新的Bioconductor和pyJASPAR软件包以编程方式获得。最后，一种新的TFBS提取工具使用户能够检索与其感兴趣的基因组区域相交的预测JASPAR TFBS。
作者：达米尔·巴拉纳西奇[aut，cre]
维护人员：达米尔·巴拉纳西奇（Damir Baranasic）<Damir.Baranasic at lms.mrc.ac.uk>
引文（从R中输入引文（“JASPAR2024”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“JASPAR2024”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“JASPAR2024”）
细节
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程序包档案
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