CTCF公司
CTCF结合位点的基因组坐标，带方向
生物导体版本：释放（3.19）
CTCF结合位点的基因组坐标，带有链方向（结合方向）。来自JASPAR、HOCOMOCO、CIS-BP、CTCFBSDB、SwissRegulon、Jolma 2013的位置权重矩阵（PWM）用于使用FIMO（默认设置）在人类（hg18、hg19、hg38、T2T）和小鼠（mm9、mm10、mm39）基因组组装上均匀预测CTCF结合位点。额外的列包括motif/PWM名称（例如，MA0139.1）、分数、p值、q值和motif序列。建议按1e-6 p值阈值过滤FIMO指定的站点，而不是使用默认的1e-4阈值。还包括从ENCODE SCREEN中实验获得的CTCF结合顺调控元件和从CTCFBSDB预测的CTCF-位点。选择的数据是从不同的基因组组合中提取出来的，因为我们证明了liftOver是一种可行的选择，可以在不同的基因组组中获得CTCF坐标。建议使用JASPAR的MA0139.1 PWM获得CTCF站点，并以1e-6 p值阈值过滤。
作者：米哈伊尔·多兹莫罗夫[aut，cre]
、埃里克·戴维斯[aut]、万岑·穆[aut'、斯图亚特·李[aut]:Tim Triche[aut:]、道格拉斯·彭斯蒂尔[aut:]、迈克尔·洛夫[aut[aut]
维护人员：米哈伊尔·多兹莫罗夫（Mikhail Dozmorov）
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“CTCF”）
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