跨组学细胞景观

使用Cytoscape进行三维跨麦克风网络可视化的工具集

生物导体版本：释放（3.19）

transomics2cytoscape通过提供指定多个KEGG路径层的ID、其对应的Z轴高度以及表示路径层之间边缘的输入，为三维transomics可视化生成一个文件。例如，边缘用于描述通路上的激酶和另一通路上的酶之间的关系。该软件包自动创建跨组学网络，如Yugi.2014中的图所示(https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)使用Cytoscape自动化(https://doi.org/10.1186/s13059-019-1758-4).

作者：西田科佐[aut，cre]，Yugi Katsuyuki〔aut〕

维护人员：西田科佐（Kozo Nishida）<Kozo.Nishida at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“transomics2cytoscape”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“transomics2cytoscape”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignettes（“transomics2cytoscape”）

跨组学细胞景观	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	数据导入,KEGG公司,网络,路径,软件
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于
进口	RCy3号机组,KEGGREST公司,数字播放器,呜呜声,易怒的,pbapply（应用程序）
系统要求	细胞景观>=3.10.0
统一资源定位地址

建议	测试那个,氧气2,针织物,仿生风格,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	经mics2cytoscape_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	transomics2cytoscape_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	跨组学2cytoscape_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	跨组学2cytoscape_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/transomics2cytoscape
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/transomics2cytoscape网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape网站/
软件包下载报告	下载统计信息