系统管道工具
数据可视化工具
生物导体版本:释放(3.19)
systemPipeTools包通过一个增强的数据可视化工具包扩展了广泛使用的systemPipeR(SPR)工作流环境,包括自动化数据可视化以分析差异表达基因(DEG)的实用程序。systemPipeTools通过散点图、层次聚类热图、主成分分析、多维缩放、广义主成分、t-Distributed随机邻域嵌入(t-SNE)以及MA和火山图提供数据转换和数据探索功能。所有这些实用程序都可以与systemPipeR环境的模块化设计集成,使用户可以轻松地将这些功能和/或自定义替换为其他功能。
作者:Daniela Cassol[aut,cre],Ponmathi Ramasamy[aut],Le Zhang[aut],Thomas Girke[aut
维护人员:丹妮拉·卡索尔(Daniela Cassol)
引文(从R中输入引文(“systemPipeTools”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“systemPipeTools”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“systemPipeTools”)
细节
生物视图 |
群集,数据导入,差异表达式,实验设计,基础设施,多维缩放,主要组件,质量控制,报告写作,排序,软件 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
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进口 |
设计2,GGally公司,Rtsne公司,总结性实验,猿,数字播放器,ggplot2,gg排斥,ggtree(ggtree),glmpca公司,情势图,巧妙地,易怒的,马格里特,DT公司,统计信息 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。