同义词

同步网络的推理与分析

生物导体版本：释放（3.19）

syntene可用于从全基因组蛋白质序列中推断并分析synteney网络。使用MCScanX算法检测锚对，该算法通过Rcpp框架移植到此包中，用于R和C++集成。同调分析中的锚对被视为无向无权图（即同调网络），用户可以执行：i.网络聚类；ii、。系统发育分析（通过确定哪些物种包含哪些簇）；基于微同步的最大似然系统发育重建。

作者：法布里西奥·阿尔梅达·席尔瓦〔aut，cre〕，Tao Zhao[aut]，Kristian K Ullrich[aut]，伊夫·范·德·佩尔[aut]

维护人员：法比西奥·阿尔梅达·席尔瓦（Fabrício Almeida-Silva）

引文（从R中输入引文（“syntenet”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“syntene”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“syntene”）

同步网络的推理与分析	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	比较基因组学,功能基因组学,图形和网络,网络,网络推理,系统发育学,软件,系统生物学,全基因组
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（2年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.2）
进口	卢比(>= 1.0.8),生物并行,基因组范围,爱尔兰航空公司,生物串,rtracklayer公司，实用程序，方法，记录仪，统计，gr设备，R彩色啤酒,情势图,ggplot2,gg网络,分界线,网络D3
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/almeidasilvaf/syntente
Bug报告	https://support.bioconductor.org/t/syntente网站

建议	生物风格,ggtree（ggtree）,拉布兹夫,冠状病毒,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0),xml语言2
链接到	卢比,测试那个
增强功能
取决于我
导入我	双重麻烦
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	合成-1.6.0.tar.gz
Windows二进制	syntenet_1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	合成-1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	合成烯1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synteen
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/syntene
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/syntente/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/synteen/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档