表面活性剂
通过surfaltr快速比较表面蛋白同构膜拓扑结构
生物导体版本：释放（3.19）
细胞表面蛋白质构成可药物化蛋白质组的主要部分，可用于组织特异性递送寡核苷酸/细胞疗法。另外，剪接的表面蛋白亚型在亚细胞定位和/或跨膜（TM）拓扑结构上表现出不同。表面蛋白具有疏水性，很难研究，因此需要使用TMHMM和Phobius等TM拓扑预测方法。然而，需要生物信息学方法来简化异构体的批处理，以便比较和可视化拓扑。为了解决这个差距，我们开发了一个R包surfaltr。它将已知的交替拼接或新颖的输入亚型与其APPRIS注释的主要对应物配对，使用TMHMM或Phobius预测其TM拓扑，并生成可定制的图形输出。此外，surfaltr通过结合三种不同的排名指标和蛋白质比对功能，促进生物多样性亚型对的优先排序。这里提到的节目的引文可以在小插曲中找到。
作者：Pooja Gangras【aut，cre】
，阿迪提商人[aut]
维护人员：Pooja Gangras＜在lilly.com上的Gangras_Pooja＞
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“surfaltr”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“surfaltr”）
细节
| 生物视图 |
对齐，数据表示，多重比较，多序列对齐，软件，拼接对齐方式，可视化 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0） |
| 进口 |
数字播放器(>= 1.0.6),生物反应器(>= 2.46.0),保护物(>= 1.6-2),顺序(>= 4.2-5),ggplot2（>=3.2.2），utils（>=2.10.1），字符串(>= 1.4.0),生物串(>= 2.58.0),阅读器(>= 1.4.0),高温气冷堆(>= 1.4.2),测试那个(>= 3.0.0),xml语言2(>= 1.3.2),海事处（>=1.22.0），方法（>=4.0.3） |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
