安全控制单元
选定密码子使用的强度
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包计算细菌物种密码子使用的选择性强度指数。（1） 该软件包可以基于Paul Sharp的方法计算所选密码子使用偏差（sscu，也称为s_index）的强度。该方法考虑了背景突变率，只关注在所有细菌物种中具有普遍翻译优势的四对密码子。因此，sscu指数在不同物种之间具有可比性。（2） 该软件包可以通过明石测试检测平移精度选择的强度。该测试将所有密码子分为四类，其特征为保守/可变氨基酸和最佳/非最佳密码子。（3） 最优密码子列表（选择的密码子）可以通过op_high函数（通过使用与所有基因相比较的高表达基因来识别最优密码子）或op_corre_CodonW/op_core_NCprime函数（通过Hershberg&Petrov开发的相关方法）来计算。用户将有一个最佳密码子列表供进一步分析，例如输入阿卡西的测试。（4） 详细的密码子使用信息，如RSCU值、高度/全部基因集中的最佳密码子数以及基因组gc3值，可以通过optimize_cond_statistics和genomic_gc3函数计算。（5） 此外，我们在包中添加了一个测试函数low_frequency_op。该函数试图在op_highly函数所识别的所有最佳密码子中找到低频最佳密码子。
作者：于孙
维护人员：孙瑜<gmail.com>上的sunyu1357
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“sscu”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
| 生物视图 |
基因表达式,遗传学,软件,全基因组 |
| 版本 |
2.34.0 |
| 在生物导体中 |
生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.3） |
| 进口 |
生物串(>= 2.36.4),顺序(>= 3.1-3),生物遗传学(>= 0.16.1) |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
