稀疏OSSA
这个包裹是已弃用。很可能从Bioconductor中移除。请参阅这个成套设备寿命终止指南了解更多信息。
模拟合成丰度的稀疏数据观测
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包将提供一种基于模型的贝叶斯方法来描述和模拟微生物组数据。SpareDOSSA的模型将每个微生物特征的边缘分布捕获为截断的零膨胀对数正态分布,参数分布为父对数正态分配。该模型可以有效地适用于参考微生物数据集,以参数化其微生物和群落,或模拟具有相似种群结构的合成数据集。最重要的是,它允许用户同时包含已知的特征-特征和特征-元数据相关结构,从而为元基因组数据分析的统计方法建立基准提供了黄金标准。
作者:Boyu Ren<bor158 at mail.harvard.edu>,Emma Schwager<Emma.Schwager at gmail.com>,Timothy Tickle<ttickle at hsph.harvard.edu>,Curtis Huttenhower<chuttenh at hsph.harvard.eedu>
维护人员:任伯育(Boyu Ren)<bor158(mail.harvard.edu>)、艾玛·施瓦格(Emma Schwager)<Emma.Schwager(gmail.com>)、乔治·温加特(George.Weingart)<George.Weingart(gmail.com)
引文(从R中输入引文(“spareDOSSA”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“spareDOSSA”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
细节
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。