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simpleSeg(简单示例)

执行简单单元格分割的包


生物导体版本:释放(3.19)

图像分割是识别图像中单个对象(在本例中为细胞)边界的过程。这允许提取、存储和分析细胞的特征,如标记表达和形态。simpleSeg根据用户指定的蛋白质标记通道的强度,在R中的多路细胞图像上提供基于分水岭的用户友好分割功能。simpleSeg还可用于对从多个图像获得的单细胞数据进行规范化。

作者:尼古拉斯·卡内特[aut],亚历山大·尼科尔斯[aut].埃利斯·帕特里克[aut,cre]

维护人员:埃利斯·帕特里克(Ellis Patrick at sydney.edu.au)

引文(从R中输入引文(“simpleSeg”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“simpleSeg”)

对于旧版本的R,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignets(“simpleSeg”)
simpleSeg简介 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 分类,规范化,单个单元格,软件,空间,生存
版本 1.6.1
在生物导体中 生物柴油3.16(R-4.2)(1.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.5.0)
进口 生物并行,EB图像,特拉,统计,spastat.geom公司,S4载体,gr设备,总结性实验、方法、,细胞映射器
系统要求
统一资源定位地址 https://sydneybiox.github.io/simpleSeg网站/ https://github.com/Sydney生物科技/simpleSeg
错误报告 https://github.com/SydneyBioX/simpleSeg/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 简单段_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 简单Seg_1.6.1.zip
macOS二进制(x86_64) 简单段_1.6.1.tgz
macOS二进制(arm64) 简单段_1.6.1.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSeg
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simpleSeg
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/simpleSeg/
包短Url https://bioconductor.org/packages/simpleSeg/
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