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scPCA公司

稀疏对比主成分分析


生物导体版本:释放(3.19)

高维生物数据稀疏对比主成分分析(scPCA)工具箱。scPCA结合了稀疏PCA的稳定性和可解释性,以及对比PCA通过使用控制数据将生物信号从不需要的变化中分离出来的能力。还实现并扩展了cPCA。

作者:菲利普·博伊奥[aut,cre,cph],尼玛·赫贾齐[aut],Sandrine Dudoit[ctb,ths]

维护人员:菲利普·波洛<Philippe_Boileau at berkeley.edu>

引文(从R中输入引文(“scPCA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scPCA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“scPCA”)
稀疏对比主成分分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 差异表达式,基因表达式,微阵列,主要组件,RNA序列,排序,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.0.0)
进口 统计、方法、,断言,易怒的,数字播放器,呜呜声,字符串,Rdpack公司,矩阵统计,生物并行,弹性网,斯帕塞普卡,集群,内核实验室,折纸,R光谱,笼子,矩阵,延迟阵列,缩放矩阵,矩阵泛型
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/PhilBoileau/scPCA
错误报告 https://github.com/PhilBoileau/scPCA/issues网站
查看更多
建议 延迟矩阵统计,稀疏矩阵统计,测试那个(>= 2.1.0),覆盖(covr),针织物,rmarkdown公司,生物风格,ggplot2,ggpubr公司,飞溅,单细胞实验,微基准
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取决于我 OSCA高级、OSCA工作流
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scPCA_1.18.0.tar.gz标准
Windows二进制 scPCA_1.18.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) scPCA_1.18.0.tgz标准
macOS二进制(arm64) scPCA_1.18.0.tgz标准
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPCA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/scPCA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scPCA/
包短Url https://bioconductor.org/packages/scPCA/
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