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标准尽职调查

单细胞RNA-seq数据的混合建模用于识别差异分布基因


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包实现了一种利用灵活的Dirichlet过程混合模型分析单细胞RNA-seq数据的方法。具有差异表达分布的基因被分为两种情况之间的几种有趣的差异模式。该软件包还包括用负二项分布的这些模式模拟数据的函数。

作者:基根·科特豪尔[cre,aut]

维护人员:基根·科尔特豪尔(Keegan Korthauer)<基根在stat.ubc.ca>

引文(从R中输入引文(“scDD”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scDD”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“scDD”)
scDD快速启动 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 贝叶斯主义者,群集,差异表达式,免疫肿瘤学,多重比较,RNA序列,单个单元格,软件,可视化
版本 1.28.0
在生物导体中 生物活性炭3.5(R-3.4)(7年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=3.5.0)
进口 领域,麦克卢斯特,生物并行,离群值,ggplot2,EB序列,,单细胞实验,总结性实验,gr设备,图形,统计,S4载体,尖叫声
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/kdkorthauer/scDD
错误报告 https://github.com/kdkorthauer/scDD/问题
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scDD_1.28.0.tar.gz代码
Windows二进制 scDD_1.28.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) scDD_1.28.0.tgz代码
macOS二进制(arm64) scDD_1.28.0.tgz代码
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDD
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/scDD
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scDD/
包短Url https://bioconductor.org/packages/scDD/
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