scBubbletree公司
scRNA-seq数据的定量可视化探索
生物导体版本:释放(3.19)
scBubbletree是一种可视化探索scRNA-seq数据的定量方法。它保留了scRNA-seq数据的生物学意义属性,例如局部和全局细胞距离,以及样本中细胞的密度分布。scBubbletree具有可扩展性,避免了过度绘制问题,并且能够可视化从多组分单细胞实验中获得的各种细胞属性。重要的是,scBubbletree易于使用,并且可以与流行的scRNA-seq数据分析方法集成。
作者:西蒙·基塔诺夫斯基[aut,cre]
维护人员:西蒙·基塔诺夫斯基(Simo Kitanovski)<gmail.com>
引文(从R中输入引文(“scBubbltree”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“scBubbletree”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“scBubbletree”)
细节
生物视图 |
群集,RNA序列,单个单元格,软件,转录组学,可视化 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.2.0) |
进口 |
重塑2,未来,未来应用程序,猿,规模,修拉,ggplot2,ggtree(ggtree),拼凑,代理,方法,统计数据,基础,实用工具 |
系统要求 |
Python(>=3.6),leidenalg(>=0.8.2) |
统一资源定位地址 |
https://github.com/snaketron/scBubbletree网站 |
错误报告 |
https://github.com/snaketron/scBubbletree/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。