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等离子体

在无细胞DNA和白细胞中观察到的分层突变,如生殖系、造血细胞或体细胞


生物导体版本:释放(3.19)

一种贝叶斯方法,用于量化特定血浆突变源于克隆性血常规或潜在肿瘤的可能性。它需要血浆和白细胞突变的测序数据,以及两种组织中不同和突变读数的数量。我们采用蒙特卡罗重要性抽样方法来评估肿瘤相对于非肿瘤起源引起突变的可能性。

作者:Adith Arun[aut,cre],Robert Scharpf[aut]

维护人员:Adith Arun<Adith.3.Arun在gmail.com>

引文(从R中输入引文(“plasmut”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“等离子”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“等离子”)
液体活检中突变起源的建模:癌症还是克隆性造血? HTML格式 R脚本
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新闻 文本

细节

生物视图 贝叶斯主义者,种系突变,排序,软件,体细胞突变
版本 1.2.0
在生物导体中 生物柴油3.18(R-4.3)(0.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.3.0)
进口 易怒的,统计,数字播放器
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 血浆_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 等离子_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64) 等离子_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) 等离子_1.2.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plasmut网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/等离子
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/plasmut网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/plasmut网站/
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