管道Comp

pipeComp管道基准测试框架

生物导体版本：释放（3.19）

一个简单的框架，用于比较涉及不同步骤和参数的管道。“pipelineDefinition”类至少将管道表示为对前一个管道的输出连续执行的一组函数，还可以选择伴随逐步求值和聚合函数。给定这样一个对象、一组可选参数/方法和基准数据集，“runPipeline”函数然后遍历所有组合参数，避免两次重新计算同一步骤并动态编译计算，以避免存储可能较大的中间数据。

作者：皮埃尔·卢克·日尔曼[cre，aut]，安东尼·桑雷尔[aut]，马克·D·罗宾逊[aut，fnd]

维护人员：皮埃尔·卢克·日尔曼

引文（从R中输入引文（“pipeComp”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“pipeComp”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“pipeComp”）

管道Comp	HTML格式	R脚本
管道Comp_dea	HTML格式	R脚本
管道Comp_scRNA	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	群集,数据表示,基因表达式,软件,转录组学
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	全球定位系统
取决于	R（>=4.1）
进口	生物并行,S4载体,复杂热图,单细胞实验,总结性实验,修拉,矩阵统计,矩阵,集群,aricode码、方法、实用程序，数字播放器，网格，规模,尖叫声,绿柱石,线索,随机coloR,ggplot2,奶牛场,内部维度,拾荒者,针织物,重塑2，统计，Rtsne公司,超高速,绕圈子,R彩色啤酒
系统要求
统一资源定位地址	https://doi.org/10.1186/s13059-020-02136-7
错误报告	https://github.com/plger/pipeComp

建议	仿生风格,rmarkdown公司
链接到
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取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	管道组件_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	管道Comp_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	管道组件_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	管道组件_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pipeComp
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/pipeComp
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pipeComp/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/pipeComp/
软件包下载报告	下载统计信息