部件CNV

利用单细胞RNA-seq数据推断局部非整倍体细胞

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包使用统计框架快速准确地检测非整倍体细胞的局部拷贝数缺失或扩增。我们的方法使用混合泊松分布的EM算法，同时结合细胞遗传学信息（例如区域缺失或扩增）来指导分类（partCNV）。在适用的情况下，我们通过集成用于特征选择的隐马尔可夫模型（partCNVH）进一步提高准确性。

作者：李子怡[aut，cre，ctb]，李若兴[ctb]

维护人员：李子怡<zli16 at mdanderson.org>

引文（从R中输入引文（“partCNV”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“partCNV”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“部分CNV”）

生物视图	分类,副本编号变化,HiddenMarkov模型,单个单元格,软件
版本	1.2.0
在生物导体中	生物柴油3.18（R-4.3）（0.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.5.0）
进口	统计数据，数据表,depmixS4公司,修拉,单细胞实验,批注中心,马格里特,基因组范围
系统要求
统一资源定位地址

建议	生物风格,rmarkdown公司,针织物,I范围,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	部件CNV_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	部件CNV_1.2.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	部件CNV_1.2.0.tgz
macOS二进制（arm64）	部件CNV_1.2.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/partCNV
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/部件CNV
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/partCNV网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/partCNV网站/
软件包下载报告	下载统计信息