佩尔卡特
巴基斯坦
生物导体版本：释放（3.19）
PaIRKAT是一个模型框架，用于评估代谢物网络（通路）和相关结果（表型）之间的统计关系。PaIRKAT查询KEGG数据库以确定构建网络连接的代谢物之间的相互作用。该模型框架通过在核机器回归设置中包含图形地形，提高了对高维数据的测试能力。对高维数据的研究可能难以包含变量之间的复杂关系。半参数核机器回归模型是捕捉这些类型关系的强大工具。它们为测试相关结果和高维数据（如代谢组、基因组或蛋白质组途径）之间的关系提供了一个框架。PaIRKAT将高维变量表示为“图”或“网络”的边，从而使用高维变量之间已知的生物联系通常，节点（例如代谢物）与图中的所有其他节点断开连接，这会导致测试功率显著降低，无论是否包含图信息。我们采用图形正则化或“平滑”方法来管理此问题。
作者：Charlie Carpenter[aut]、Cameron Severn[aut]Max McGrath[cre，aut]
维护人员：Max McGrath<ucdenver.edu的Max.McGrath>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“pairkat”）
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文档
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浏览幻影（“pairkat”）
细节
| 生物视图 |
图形和网络,KEGG公司,代谢组学,网络,路径,回归,软件 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（3年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
总结性实验,KEGGREST公司,记录仪,数据表，方法，统计信息，马格里特,CompQuadForm格式,易怒的 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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| 错误报告 |
https://github.com/Ghoshlab/pairkat/issues |
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程序包档案
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