oncscanR公司

CNV数据的二次分析（HRD等）

生物导体版本：释放（3.19）

该软件使用文本文件中的拷贝数片段，识别所有全局改变的染色体臂，并计算各种全基因组得分。包括以下HRD评分（BRCA突变癌的特征）：LST、HR-LOH、nLST和gLOH。该软件包是为ThermoFisher Oncoscan分析量身定制的，使用其染色体改变套件（ChAS）进行分析，但可以适应任何输入。

作者：Yann Christinat〔aut，cre〕，日内瓦大学医院〔aut，cph〕

维护人员：Yann Christina<Yann.christina at hcuge.ch>

引文（从R中输入引文（“oncoscanR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“oncscanR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“oncscanR”）

oncscanR渐晕图	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	副本编号变化,微阵列,软件
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（2年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.2），I范围(>= 2.30.0),基因组范围(>= 1.48.0),马格里特
进口	阅读器,S4载体、方法、实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/yannchristina/oncscanR
错误报告	https://github.com/yannchristina/oncscanR/issues

建议	测试那个(>= 3.1.4),jsonlite公司,针织物,rmarkdown公司,仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	oncscanR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	oncscanR_1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	肿瘤扫描R_1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	oncscanR_1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncscanR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/oncscanR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/oncscanR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/oncscanR/
软件包下载报告	下载统计信息