npGSEA公司

基因集富集分析的置换近似方法（非置换GSEA）

生物导体版本：释放（3.19）

当前的基因集富集方法依赖排列进行推断。这些方法的计算成本很高，并且具有基于排列数而非实际观测统计的最小可实现p值。我们推导了两个基因集富集检验统计量的置换分布的三个参数近似。我们能够用我们的方法减少置换测试的计算负担和粒度问题，该方法在这个包中实现。npGSEA计算基因集富集统计数据和p值，而不考虑排列的计算成本。它适用于一个或多个基因集感兴趣的环境。还有内置的绘图功能，可帮助用户可视化结果。

作者：杰西卡·拉尔森和亚特·欧文

维护人员：杰西卡·拉森

引文（从R中输入引文（“npGSEA”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“npGSEA”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“npGSEA”）

使用“npGSEA”软件包进行基因集富集分析	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	GeneSet扩展,微阵列,路径,软件,统计方法
版本	1.40.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	艺术-2.0
取决于	GSEA基础(>= 1.24.0)
进口	博科生物、方法、，生物遗传学，图形，统计
系统要求
统一资源定位地址

建议	所有,基因过滤器,利马,hgu95av2.db型,报告工具,生物风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	npGSEA_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	npGSEA_1.40.0.zip
macOS二进制（x86_64）	npGSEA_1.40.0.tgz
macOS二进制（arm64）	npGSEA_1.40.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA网址
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/npGSEA
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/npGSEA/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/npGSEA/
软件包下载报告	下载统计信息