海事处

多序列对齐

生物导体版本：释放（3.19）

“msa”包为多序列比对算法ClustalW、ClustalOmega和Muscle提供了统一的R/Bioconductor接口。这三种算法都集成在软件包中，因此它们不依赖于任何外部软件工具，适用于所有主要平台。多序列比对算法由一个使用LaTeX软件包TeXshade的多序列比对预打印功能进行补充。

作者：Enrico Bonatesta[aut]、Christoph Kainrath[aut]Ulrich Bodenhofer[aut，cre]

维护人员：乌尔里希·博登霍夫

引文（从R中输入引文（“msa”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“msa”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“msa”）

msa-用于多序列比对的R包	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	对齐,多重比较,多序列对齐,排序,软件
版本	1.36.1
在生物导体中	生物多样性3.1（R-3.2）（9.5年）
许可证	GPL（>=2）
取决于	R（>=3.3.0），方法，生物串(>= 2.40.0)
进口	卢比(>= 0.11.1),生物遗传学,I范围(>= 1.20.0),S4载体，工具
系统要求	GNU品牌
统一资源定位地址	https://github.com/UBod/msa

建议	博科生物,针织物,顺序,猿(>= 5.1),潘戈恩,pwalling（pwallign）
链接到	卢比
增强功能
取决于我
导入我	淋巴顺序,odseq公司,表面活性剂,种子匹配R
建议我	国际数据保护协会,生物3d
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	msa_1.36.1.tar.gz标准
Windows二进制	msa_1.36.1.zip标准
macOS二进制（x86_64）	msa_1.36.1.tgz
macOS二进制（arm64）	msa_1.36.1.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msa
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/msa
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msa/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/msa/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档