图案计数器

DNA序列中TFBS分析的R包

生物导体版本：释放（3.19）

“motifcounter”提供基于位置频率矩阵的motif匹配、motif计数和motif丰富功能。包的主要特征包括利用高阶背景模型，并在确定基序富集时考虑自重叠基序匹配。背景模型允许充分捕获二核苷酸（或高阶核苷酸）组成，与使用简单的GC背景模型相比，这可以减少模型偏差和误导性结果。当基于基序匹配计数进行基序富集分析时，包依赖于复合泊松分布或组合模型。这些分布说明了以重复或回文基序为例的自重叠基序结构，并允许确定一组观察到的基序匹配的p值和折叠富集。

作者：沃尔夫冈·科普[aut，cre]

维护人员：沃尔夫冈·科普（Wolfgang Kopp）

引文（从R中输入引文（“motifcounter”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“motifcounter”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignets（“动机计数器”）

“motifcounter”包简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	Motif注释,序列匹配,软件,转录
版本	1.28.0
在生物导体中	生物碳3.5（R-3.4）（7.5年）
许可证	GPL-2基因
取决于	R（>=3.0）
进口	生物串，方法
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织物,rmarkdown公司,测试那个,MotifDb公司,seq徽标,美女医生
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	motifcounter_1.28.0.tar.gz图案计数器
Windows二进制	motifcounter_1.28.0.zip图案计数器
macOS二进制（x86_64）	motifcounter_1.28.0.tgz
macOS二进制（arm64）	motifcounter_1.28.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifcounter
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/图案计数器
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifcounter网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/motifcounter/
软件包下载报告	下载统计信息