微STASIS

通过迭代cluStering进行微生物群STability评估

生物导体版本：释放（3.19）

“µSTASIS”或microSTASIS工具包已经开发出来，用于利用迭代聚类在时间框架中对微生物群落进行稳定性分析，核心函数尽可能多次使用Hartigan-Wong k-means算法对来自相同个体的成对样本进行强调，以测试它们是否在整个个体数据集的多个聚类中保持在一起。此外，该包还包含多个函数，用于从成对时间中抽取样本、验证结果或可视化输出。

作者：佩德罗·桑切斯[aut，cre]，阿方索·贝尼特斯·佩雷斯[aut]

维护人员：佩德罗·桑切兹·桑切斯（Pedro Sánchez-Sánche）<gmail.com上的bio.Pedro.technology>

引文（从R中输入引文（“microSTASIS”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“microSTASIS”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“microSTASIS”）

microSTASIS简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	生物医学信息学,群集,遗传变异性,微生物组,多重比较,软件
版本	1.4.0
在生物导体中	生物C 3.17（R-4.3）（1年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.2.0）
进口	生物并行,ggplot2,ggside公司，网格，爱尔兰航空公司，统计，字符串,树总结实验
系统要求
统一资源定位地址	https://doi.org/10.1093/bbib/bbac055
错误报告	https://github.com/BiotechPedro/microSTASIS网站

建议	仿生风格,gghighlight（gg突出显示）,针织物,rmarkdown公司、方法、，参考管理器,sessioninfo（会话信息）,单细胞实验,总结性实验,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	微型STASIS_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	微型STASIS_1.4.0.tgz
macOS二进制（arm64）	微型STASIS_1.4.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microSTASIS
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/microSTASIS
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/microSTASIS网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/microSTASIS网站/
软件包下载报告	下载统计信息