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mbQTL(百万平方米)

mbQTL:SNP-Taxa mGWAS分析包


生物导体版本:释放(3.19)

mbQTL是一个用于同时进行16srRNA、16srDNA(微生物)和变异、SNP、SNV(宿主)关系、相关性和回归研究的统计R包。我们应用线性、logistic和基于相关性的统计方法来确定受感染宿主中分类群、属、种和变异、SNP和SNV的关系。我们产生了各种统计显著性度量,如P值、FDR、BC和概率估计,以显示这些关系的显著性。此外,我们还提供了各种可视化功能,以方便和澄清这些分析的结果。该软件包兼容数据帧、MRexperimental和文本格式。

作者:Mercedeh Movassagh[作者,作者]、史蒂文·希夫[aut]、约瑟夫·保尔森[aut]

维护人员:Mercedeh Movassagh<耶鲁大学的Mercedeh.Movassagh>

引文(从R中输入引文(“mbQTL”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“mbQTL”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“mbQTL”)
MbQTL_渐晕 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 基因组,微生物组,回归,SNP公司,软件,统计方法,全基因组
版本 1.4.0
在生物导体中 生物柴油3.17(R-4.3)(1年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.3.0)
进口 矩阵EQTL,数字播放器,ggplot2,读xl,字符串,第三年,宏基因组eq,苯丙胺,扫帚,图形,统计,方法
系统要求
统一资源定位地址 "https://github.com/Mercedeh66/mbQTL网站"
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 mbQTL_1.4.0.标签.gz
Windows二进制 mbQTL_1.4.0.zip(压缩文件)(仅64位)
macOS二进制(x86_64) mbQTL_1.4.0.tgz(中文)
macOS二进制(arm64) mbQTL_1.4.0.tgz(中文)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mbQTL网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/mbQTL
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/mbQTL网址/
包短Url https://bioconductor.org/packages/mbQTL/
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