mbQTL(百万平方米)
mbQTL:SNP-Taxa mGWAS分析包
生物导体版本:释放(3.19)
mbQTL是一个用于同时进行16srRNA、16srDNA(微生物)和变异、SNP、SNV(宿主)关系、相关性和回归研究的统计R包。我们应用线性、logistic和基于相关性的统计方法来确定受感染宿主中分类群、属、种和变异、SNP和SNV的关系。我们产生了各种统计显著性度量,如P值、FDR、BC和概率估计,以显示这些关系的显著性。此外,我们还提供了各种可视化功能,以方便和澄清这些分析的结果。该软件包兼容数据帧、MRexperimental和文本格式。
作者:Mercedeh Movassagh[作者,作者]
、史蒂文·希夫[aut]、约瑟夫·保尔森[aut]
维护人员:Mercedeh Movassagh<耶鲁大学的Mercedeh.Movassagh>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“mbQTL”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“mbQTL”)
细节
生物视图 |
基因组,微生物组,回归,SNP公司,软件,统计方法,全基因组 |
版本 |
1.4.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.17(R-4.3)(1年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
矩阵EQTL,数字播放器,ggplot2,读xl,字符串,第三年,宏基因组eq,苯丙胺,扫帚,图形,统计,方法 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
"https://github.com/Mercedeh66/mbQTL网站" |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。