烤羊肉串

基于核的生物序列分析

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了通过基于SVM的方法对DNA、RNA和氨基酸序列进行基于内核的分析的功能。作为核心功能，烤肉串实现了以下序列内核：光谱内核、不匹配内核、间隙对内核和motif内核。除了有效实现标准位置无关功能外，内核还以一种新颖的方式进行扩展，以将模式的位置考虑到相似性度量中。由于核公式的灵活性，其他核，如加权度核或位置不变加权的移位加权度核，都被作为特殊情况包括在内。内核的注释特定变体使用沿序列放置的注释信息以及序列中的模式。该软件包允许为所有可用内核生成密集或稀疏格式的内核矩阵或显式特征表示，这些内核可以与其他R软件包中实现的方法一起使用。通过关注基于SVM的方法，烤肉串提供了一个框架，简化了kernlab、e1071和LiblineaR中现有SVM实现的使用。可以统一使用二进制和多类分类以及回归任务，而无需处理所选SVM的不同功能、参数和格式。作为对选择超参数的支持，该包提供了交叉验证，包括分组交叉验证、网格搜索和模型选择功能。为了更容易对结果进行生物解释，该软件包计算所有SVM和预测剖面的特征权重，这些特征权重显示单个序列位置对预测结果的贡献，并指示序列段与学习结果和潜在生物功能的相关性。

作者：约翰内斯·帕尔梅[aut]，乌尔里希·博登霍夫[aut，cre]

维护人员：乌尔里希·博登霍夫

引文（从R中输入引文（“烤肉串”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“烤肉串”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignettes（“烤肉串”）

基于核的生物序列分析的R包KeBABS	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	分类,群集,回归,软件,支持向量机
版本	1.38.0
在生物导体中	生物技术3.0（R-3.1）（9.5年）
许可证	GPL（>=2.1）
取决于	R（>=3.3.0），生物串(>= 2.35.5),内核实验室
进口	方法、统计信息、，卢比(>= 0.11.2),矩阵(>= 1.5-0),十六矢量(>= 0.7.3),S4载体(>= 0.27.3),e1071号,利伯里纳、图形、grDevices、utils、，ap集群
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/UBod/kebabs

建议	SparseM（备用）,博科生物,生物遗传学,针织者
链接到	I范围,十六矢量,生物串,卢比,S4载体
增强功能
取决于我	原核细胞
导入我	odseq公司
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	烤肉串_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	烤肉串_1.38.0.zip
macOS二进制（x86_64）	烤肉串_1.38.0.tgz
macOS二进制（arm64）	烤肉串_1.38.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kebabs
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/烤肉串
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/kebabs/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/kebabs/
软件包下载报告	下载统计信息