igv闪亮

igvShiny:集成基因组查看器(IGV-用于可视化和探索集成基因组数据的交互式工具)的包装


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包是集成基因组查看器(IGV)的包装。它包含IGV的htmlwidget版本。它可以在Shiny应用程序中用作模块。

作者:保罗·香农[aut],阿卡迪乌斯·格拉德基[aut,cre],卡罗琳娜·Scigocka[aut]

维护人员:Arkadiusz Gladki<Gladki.Arkadiusz at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“igvShiny”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“igvShiny”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“igvShiny”)
igvShiny概述 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 新闻报道,排序,ShinyApps公司,软件
版本 1.0.5
在生物导体中 生物活性碳3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=3.5.0),基因组范围、方法、,闪亮的
进口 生物遗传学,将死,无用的日志,基因组信息数据库数据,html小部件,高温气冷堆,jsonlite公司,随机coloR,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/gladkia/igvShiny网站 https://gladkia.github.io/igvShiny网站/
错误报告 https://github.com/gladkia/igvShiny/issues
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建议 仿生风格,基因组比对,针织物,Rsamtools软件,无线电跟踪器,RUnit(运行单位),闪光测试2,变体注释
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 igvShiny_1.0.5.tar.gz
Windows二进制 igvShiny_1.0.5.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) igvShiny_1.0.2.tgz公司
macOS二进制(arm64) igvShiny_1.0.5.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvShiny网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/igvShiny
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/igvShiny网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/igvShiny网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档