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g筛

混合遗传筛查分析


生物导体版本:释放(3.19)

用于分析混合遗传筛查的软件包(例如CRISPR-KO)。这种筛选的分析是基于细胞增殖期前后gRNA丰度的比较。gscreend软件包将gRNA计数作为输入,并允许检测基因敲除减少或增加细胞增殖的基因。

作者:凯萨琳娜·伊姆凯勒[cre,aut],沃尔夫冈·胡贝尔[aut]

维护人员:凯萨琳娜·伊姆凯勒(Katharina Imkeller)<k.Imkeller at dkfz.de>

引文(从R中输入引文(“gscreend”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“gscreend”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“gscreend”)
示例_模拟 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 CRISPR公司,池式屏幕,软件,统计方法
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(4.5年)
许可证 GPL-3型
取决于 R(>=3.6)
进口 总结性实验,nloptr公司,fGarch公司、方法、,生物并行,图形
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/imkeller/gscreend网站
错误报告 https://github.com/imkeller/gscreend/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 gscreend_1.18.0.tar.gz屏幕
Windows二进制 gscreend_1.18.0.zip型
macOS二进制(x86_64) gscreend_1.18.0.tgz屏幕
macOS二进制(arm64) gscreend_1.18.0.tgz屏幕
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gscreend网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/g屏幕
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/gscreend网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/gscreend网站/
软件包下载报告 下载统计信息