戈索伦森

基于Sorensen-Dice差异性和基因本体的统计推断


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包实现了推理方法,以比较基因列表在GO中表达的生物学意义。比较基因列表的特点是通过交叉表格的GO项目丰富的频率表。使用Sorensen-Dice指数评估基因列表之间的差异。基本指导原则是,如果两个基因列表共享很大比例的共同富集GO项目,则视为相似。

作者:巴勃罗·弗洛雷斯[aut,cre]乔迪·奥卡纳[aut,ctb](0000-0002-4736-699),亚历山大·桑切兹·普拉[ctb],Miquel Salicru[ctb]

维护人员:巴勃罗·弗洛雷斯(Pablo Flores)<p_Flores at espoch.edu.ec>

引文(从R中输入引文(“goSorensen”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“goSorensen”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“goSorensen”)
介绍了使用goSorensen的特征列表之间的等价性测试。 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,群集,GO(开始),基因表达式,GeneSet扩展,图形和网络,KEGG公司,微阵列,多重比较,路径,反应途径,软件
版本 1.6.0
在生物导体中 生物柴油3.16(R-4.2)(2年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.3.0)
进口 政府.db,组织Hs.eg.db,go配置文件,统计,clusterProfiler(群集探查器),平行,字符串
系统要求
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 goSorensen_1.6.0.tar.gz网站
Windows二进制 goSorensen_1.6.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) goSorensen_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) goSorensen_1.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/goSorensen网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/goSorensen
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/goSorensen网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/goSorensen网站/
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