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基因质体

同源群的进化和可塑性分析


生物导体版本:释放(3.19)

基因质体是根据给定物种树中的直系群分布进行进化和可塑性分析的。它使用香农信息理论和直向同源物丰度来估计进化塑性指数。此外,它还实现了Bridge算法,以根据给定基因的直系分布确定其进化根。

作者:罗德里戈·达尔莫林、毛罗·卡斯特罗

维护人员:毛罗·卡斯特罗(Mauro Castro)<Mauro.a.Castro at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“geneplast”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“geneplast”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“geneplast”)
遗传质体:直系同源群体的进化分析。 HTML格式 R脚本
Treflich2019的支持材料。 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因调控,遗传学,软件,系统生物学
版本 1.30.0
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=4.0),方法
进口 记录仪,,、grDevices、graphics、stats、utils、,数据表
系统要求
统一资源定位地址
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建议 RTN公司,RUnit(运行单位),生物遗传学,仿生风格,针织物,rmarkdown公司,弗莱彻2013b,geneplast.数据,geneplast.data.string.v91,ggplot2,ggpubr公司,普利尔
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 基因质体_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 geneplast_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64) 基因质体_1.30.0.tgz
macOS二进制(arm64) 基因质体_1.30.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneplast
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geneplast
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/geneplast网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/geneplast网站/
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