基因XtendeR
ChIP-seq数据的优化功能注释
生物导体版本：释放（3.19）
geneXtendeR通过探索不同长度基因体注释ChIP-seq峰集的相对差异，优化了ChIP-seq峰的功能注释。与之前的技术相比，geneXtendeR考虑的峰值注释不仅仅是最近的基因，允许用户查看第一个最近基因、第二个最近基因的峰值摘要统计数据。。。，n个最接近的基因，同时根据生物相关事件对输出进行排序，并迭代比较每个基因坐标原始边界上用户定义的上游和下游扩展范围内的峰-基因重叠保真度。由于不同的ChIP-seq峰调用者产生不同的差异富集峰，且峰长分布和总峰数存在较大差异，因此用最接近的基因注释峰列表通常是一个嘈杂的过程。因此，geneXtendeR的目标是将差异富集峰与其各自的基因牢固地联系起来，从而在qPCR期间为一组潜在的候选基因设计引物时帮助实验跟踪和验证。
作者：博丹·孔楚克[aut，cre]，威廉·科勒[aut]
维护人员：Bohdan Khomtchouk<khomtchoukmed at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“geneXtendeR”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“geneXtendeR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“geneXtendeR”）
细节
| 生物视图 |
注释,ChIPSeq公司,芯片芯片,新闻报道,数据导入,差异峰值呼叫,GO（开始）,遗传学,基因组注释,组蛋白修饰,自然语言处理,峰值检测,软件,可视化 |
| 版本 |
1.30.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=3） |
| 取决于 |
rtracklayer公司,政府.db，R（>=3.5.0） |
| 进口 |
数据表,数字播放器、图形、，网络D3,R彩色啤酒,雪球C,tm（tm），实用程序，文字云,注释Dbi,仿生风格,组织Rn.eg.db |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/Bohdan-homtchouk/geneXtendeR |
| 错误报告 |
https://github.com/Bohdan-Khomtchouk/geneXtendeR/issues网站 |
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| 建议 |
针织物,rmarkdown公司,测试那个,组织Ag.eg.db,组织Bt.eg.db,组织机构代码.db,组织Cf.eg.db,组织Dm.eg.db,组织博士eg.db,组织Gg.eg.db,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,组织Pt.eg.db,组织S.c.sgd.db,组织S.s.eg.db,组织Xl.eg.db,rtracklayer公司 |
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