逃跑
用于浓缩的简易单细胞分析平台
生物导体版本:释放(3.19)
在单细胞RNA测序的背景下促进基因集富集分析(GSEA)的桥接R包。使用原始计数信息、Seura对象或SingleCellExperiment格式,用户可以跨单个单元格执行和可视化ssGSEA、GSVA、AUCell和基于UCell的浓缩计算。
作者:尼克·博尔切丁[aut,cre],杰瑞德·安德鲁斯[aut]
维护人员:尼克·博尔切丁(Nick Borcherding)<ncborch at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“escape”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“逃避”)
细节
生物视图 |
注释,分类,GeneSet扩展,基因信号,路径,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
2.0.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
AUCell公司,生物并行,gr设备,数字播放器,ggdist(ggdist),ggplot2,gg点密度,GSEA基础,GSVA公司,单细胞实验,ggridges公司,msigdbr公司,统计,重塑2,拼凑的,矩阵泛型,实用程序,总结性实验,UCell公司,字符串、方法、,修饰符对象 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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查看更多
建议 |
修拉,己糖,尖叫声,针织物,rmarkdown公司,降价,仿生风格,R彩色啤酒,爱尔兰航空公司,拼写,测试那个(>= 3.0.0),vdiffr公司 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
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建议我 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。