书信

表生信号叠加剖面的热图

生物导体版本：释放（3.19）

封装包的主要目标是可视化以感兴趣的基因组区域为中心的基因组轨迹堆栈（例如但不限于ChIP-seq、ATAC-seq、DNA方法或基因组保护数据）。epistack需要三种不同的输入：1）基因组评分对象，如ChIP-seq覆盖率或DNA甲基化值，以“GRanges”形式提供（很容易从“bigwig”或“bam”文件中获得）。2）以“GRanges”（很容易从“gtf”或“bed”文件获得）形式提供的感兴趣的特征列表，例如峰值或转录起始位点。3）对特征进行排序的分数，例如峰值高度或基因表达值。

作者：SACI Safia[aut]、DEVELLY Guillaume[cre，aut]

维护人员：德瓦利·纪尧姆（DEVAILLY Guillaume）<gdevailly at hotmail.com>

引文（从R中输入引文（“书信”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“epistack”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“图钉”）

使用图钉	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	ChIPSeq公司,新闻报道,基因表达式,预处理,RNA序列,软件
版本	1.10.0
在生物导体中	生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.1）
进口	基因组范围,总结性实验,生物遗传学,S4载体,I范围、图形、，倍体，gr设备，统计，方法
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/GenEpi-GenPhySE/esptack（英文）

建议	测试(>= 3.0.0),仿生风格,针织物,rmarkdown公司,强化热图,生物反应器,rtracklayer公司,覆盖（covr）,vdiffr公司,魔法
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	外挂_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	epestack_1.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	附加_1.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）	附加_1.10.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epistack网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/信封
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/espeack/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/epistack网站/
软件包下载报告	下载统计信息