深SNV

在深度测序数据中检测亚克隆SNV。

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了定量变量调用者，用于检测超深（>=100倍覆盖率）测序实验中的亚克隆突变。使用deepSNV算法与相同基因座的对照实验进行比较设置，并使用β二项式模型和似然比检验来区分测序错误和亚克隆SNV。shearwater算法基于贝塔-二项式模型计算贝叶斯分类器，用于变量调用，具有多个样本，用于精确估计模型参数（例如局部错误率和离散度）和先验知识，例如来自COSMIC等变量数据库的先验知识。

作者：尼科·比伦文克尔（Niko Beerenwinkel[ths]）、劳尔·阿尔坎塔拉（Raul Alcantara）、大卫·琼斯（David Jones）、约翰·马歇尔（John Marshall）、伊尼戈·马丁科雷纳（Inigo Martincorena）、莫里茨·格斯滕（Moritz Gerstung）[aut，cre]

维护人员：Moritz Gerstung<Moritz.Gerstung at ebi.ac.uk>

引文（从R中输入引文（“deepSNV”）)以下为：

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“deepSNV”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“deepSNV”）

用于检测深测序实验中低频变异的R包	PDF格式	R脚本
剪切水ML	HTML格式	R脚本
基于剪切水的多样本和先验知识的亚克隆变异体调用	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	数据导入,遗传变异性,遗传学,SNP公司,排序,软件
版本	1.50.0
在生物导体中	生物C 2.10（R-2.15）（12年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=2.13.0），方法，图形，并行，I范围,基因组学范围,总结性实验,生物串,VGAM公司,变量注释(>= 1.27.6)
进口	Rhtslib公司
系统要求	GNU品牌
统一资源定位地址

建议	R彩色啤酒,针织者,rmarkdown公司
链接到	Rhtslib公司(>= 1.13.1)
增强功能
取决于我
导入我	丝裂原克隆2
建议我	基因组文件
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	深SNV_1.50.0.tar.gz
Windows二进制	深SNV_1.50.0.zip
macOS二进制（x86_64）	深SNV_1.50.0.tgz
macOS二进制（arm64）	深SNV_1.50.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepSNV
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/深度SNV
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/deepSNV/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/deepSNV/
软件包下载报告	下载统计信息