去变频
Omic轮廓的模拟与反褶积
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包提供了一系列功能，用于使用参考组学特征图谱和用户选择的模型分析批量样品的反褶积。用户可以选择创建或扩展参考地图集，还可以模拟参考单元格类型的批量签名配置文件的所需大小。该软件包包括可用于反褶积的细胞类型特异性甲基化图谱和Illumina Epic B5探针ID。此外，我们还包括了BSmeth2Probe，以便更容易将WGBS数据映射到其探针ID。
作者：Irem B.Gündüz[aut，cre]
，维罗尼卡·埃贝纳尔[aut]，阿尔图纳·阿卡林[aut]
维护人员：Irem B.Gündüz<irembgunduz at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“decovR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“decovR”）
细节
| 生物视图 |
DNA甲基化,基因表达式,RNA序列,回归,单个单元格,软件,统计方法,转录组学 |
| 版本 |
1.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.14（R-4.1）（2.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.1），数据表(>= 1.14.0) |
| 进口 |
S4载体(>= 0.30.0),甲基试剂盒(>= 1.18.0),I范围(>= 2.26.0),基因组范围(>= 1.44.0),生物遗传学（>=0.38.0），统计，方法，foreach公司(>= 1.5.1),马格里特(>= 2.0.1),矩阵统计(>= 0.61.0),e1071号(>= 1.7.9),二次规划优化函数(>= 1.5.8),nnls公司(>= 1.4),随机序列号(>= 2.2),MASS（质量），实用程序，数字播放器(>= 1.0.7),第三年(>= 1.1.3),断言,米菲 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/BIMSBbioinfo/decovR |
| 错误报告 |
https://support.bioconductor.org/t/decovR |
查看更多
| 建议 |
测试那个(>= 3.0.0),氧气2(>= 7.1.2),do并行（>=1.0.16），平行，针织物(>= 1.34),仿生风格(>= 2.20.2),重塑2(>= 1.4.4),ggplot2(>= 3.3.5),rmarkdown公司,开发工具(>= 2.4.2),sessioninfo（会话信息）(>= 1.1.1),冠状病毒,造粒机,参考管理器 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
|
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
