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细胞查看器

用于R的交互式多通道图像查看器


生物导体版本:释放(3.19)

该R包支持多通道图像的交互式可视化,以及由成像质量细胞术和其他使用shinny的高度复用成像技术生成的分割掩模。细胞查看器界面分为图像级(合成和通道)和细胞级可视化(掩码)。它允许用户使用分割掩码覆盖单个图像,与SingleCellExperiment和SpatialExperiment对象很好地集成,以实现元数据可视化,并支持图像下载。

作者:拉斯·梅耶[aut,cre],尼尔·艾琳[aut]

维护人员:拉斯·梅耶(Lasse-Meyer)<Lasse.Meyer at dqbm.uzh.ch>

引文(从R中输入引文(“cytoviewer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“cytoviewer”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“细胞查看器”)
R中的交互式多通道图像可视化 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,免疫肿瘤学,多通道,一个频道,单个单元格,软件,空间,双通道
版本 1.4.0
在生物导体中 生物C 3.17(R-4.3)(1年)
许可证 GPL-3型
取决于
进口 闪亮的,闪亮的仪表板,实用程序,颜色选择器,小贩,svg平移缩放,翡翠色,档案文件,gr设备,R彩色啤酒,斯格利特,EB图像、方法、,细胞描记器,单细胞实验,S4载体,总结性实验
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/BodenmillerGroup/cytoviewer网站
错误报告 https://github.com/BodenmillerGroup/cytoviewer/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 细胞查看器1.4.0.tar.gz
Windows二进制 cytoviewer_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64) 细胞查看器_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64) 细胞查看器_1.4.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytoviewer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/细胞查看器
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cytoviewer网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/cytoviewer/
软件包下载报告 下载统计信息