集群(clustifyr)
基于细胞簇的单细胞RNA-seq分类器
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包旨在使用外部参考数据(例如,批量RNA-seq、scRNA-seq.微阵列、基因列表),帮助从单细胞RNA测序数据中对细胞进行分类。提供了多种基于相关性的方法和基因列表富集方法来帮助细胞类型分配。
作者:Rui Fu[aut]、Kent Riemondy[cre,aut],Austin Gillen[ctb]、Chengzhe Tian[ctb]、Jay Hesselberth[ctb].岳浩[ctb].Michelle Daya[ctb]、Sidhant Puntambekar[ctb〕、RNA生物科学计划[fnd,cph]
维护人员:肯特·里蒙迪(Kent Riemondy)<Kent.Riemondy at cuanschutz.edu>
引文(从R中输入引文(“clustifyr”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“clustifyr”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“clustifyr”)
细节
生物视图 |
注释,基因表达式,微阵列,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.16.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.11(R-4.0)(4年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=2.10) |
进口 |
奶牛场,数字播放器,熵,fgsea公司,ggplot2,矩阵,爱尔兰航空公司,规模,字符串,易怒的,第三年,统计数据,方法,单细胞实验,总结性实验,修饰符对象,矩阵统计,S4载体,代理,高温气冷堆,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/rnabioco/clustifyr https://rnabioco.github.io/clustifyr/ |
错误报告 |
https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues网站 |
查看更多
建议 |
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链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。