cf工具

无细胞DNA研究的信息学工具

生物导体版本：释放（3.19）

cfTools R软件包提供了无细胞DNA（cfDNA）甲基化数据分析的方法，以促进基于cfDNA的研究。给定cfDNA样本的甲基化测序数据，对于每个癌症标记或组织标记，我们从标记区域的所有读取中去卷积肿瘤衍生或组织特异性读取。我们基于读取的反褶积算法利用DNA甲基化的普遍性来增强信号，因此可以敏感地识别血浆中的微量肿瘤特异性或组织特异性cfDNA。cfTools提供以下功能：（1）癌症检测：敏感检测肿瘤衍生cfDNA并估计肿瘤衍生cfDNA分数（肿瘤负担）；（2）组织反褶积：推断血浆cfDNA样本的组织类型组成和多种组织类型的cfDNA分数。这些功能可以作为基于cfDNA的更高级研究的基础，包括癌症诊断和疾病监测。

作者：冉虎[aut，cre]，玛丽·路易莎·斯塔克波尔[aut]，朔丽[aut]，周向红茉莉花[aut]，李文元[aut]

维护人员：胡冉（Ran Hu）

引文（从R中输入引文（“cfTools”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“cfTools”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“cfTools”）

cfTools小插曲	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	生物医学信息学,DNA甲基化,差异甲基化,表观遗传学,甲基Seq,排序,软件
版本	1.4.0
在生物导体中	生物柴油3.17（R-4.3）（1年）
许可证	文件许可证
取决于
进口	卢比，实用程序，基因组范围,蛇怪,R.utils公司，统计，cf工具数据
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/jasminezhoulab/cf工具
错误报告	https://github.com/jasminezhoulab/cf工具/问题

建议	生物风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到	卢比,伯克希尔哈撒韦
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	cf工具_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	cf工具_1.4.0.zip
macOS二进制（x86_64）	cf工具_1.4.0.tgz
macOS二进制（arm64）	cf工具_1.4.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cfTools网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/cf工具
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cfTools（网址：https://code.bioconductor.org/browse/cfTools）/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/cfTools网站/
软件包下载报告	下载统计信息