ccrepe公司

ccrepea和nc.score

生物导体版本：释放（3.19）

CCREPE（通过重新规范化和PErmutation校正的成分）包旨在评估成分数据集中一般相似性度量的重要性。例如，在微生物丰度数据中，所有微生物的总丰度总和为一；CCREPE设计用于在为微生物之间的相似性度量赋值p值时考虑此约束。该软件包有两个功能：ccrepe：使用数据的bootstrap和置换矩阵计算一个或两个身体部位的bug相对丰度的相似性度量、p值和q值。nc.score：基于棋盘格分数对序数数据的扩展，计算物种级协变和互斥模式。

作者：艾玛·施瓦格（Emma Schwager）<emh146（mail.harvard.edu>）、克雷格·贝尔斯基（Craig Bielski）<Craig.Bielski（gmail.com>）、乔治·温加特（George Weingart）<George.Weingart（gmail.com）>

维护人员：艾玛·施瓦格（Emma Schwager）、克雷格·贝尔斯基（Craig Bielski）、乔治·温加特（George.Weingart）

引文（从R中输入引文（“ccrepe”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ccrepe”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“ccrepe”）

ccrepe公司	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	生物信息学,免疫肿瘤学,基因组,软件,统计
版本	1.40.0
在生物导体中	生物技术2.14（R-3.1）（10年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于
进口	信息提奥(>= 1.1)
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织物,仿生风格,生物遗传学,测试,RUnit（运行单位）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ccrepe_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	ccrepe_1.40.0.zip
macOS二进制（x86_64）	ccrepe_1.40.0.tgz
macOS二进制（arm64）	ccrepe_1.40.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccrepe
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/ccrepe
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccree/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/ccrepe/
软件包下载报告	下载统计信息