竹信号

从bam文件中提取读取计数信号

生物导体版本：释放（3.19）

这个包允许从索引的bam文件中高效地获取计数向量。它统计给定基因组范围内的读取次数，并计算读取配置文件和覆盖配置文件。它还处理成对的数据。

作者：亚历山德罗·马马纳[aut，cre]，约翰内斯·赫尔穆斯[aut]

维护人员：约翰内斯·赫尔穆斯（Johannes Helmuth）<Johannes.Helmuth at laborberlin.com>

引文（从R中输入引文（“bamsignals”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“bamsignals”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“bamsignals”）

生物视图	对齐,新闻报道,数据导入,排序,软件
版本	1.36.0
在生物导体中	生物技术3.1（R-3.2）（9年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.5.0）
进口	方法，生物遗传学,卢比(>= 0.10.6),I范围,基因组范围,zlibbico公司
系统要求	GNU品牌
统一资源定位地址	https://github.com/lamortenera/bamsignals网站
错误报告	https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues网站

建议	测试那个(>= 0.9),Rsamtools软件,生物风格,针织物,rmarkdown公司
链接到	卢比,Rhtslib公司(>= 1.13.1),zlibbico公司
增强功能
取决于我
导入我	AneuFinder公司,DNA融合,色度,会厌HMM,核倍体R,正常值,分段器,贮藏室
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	bamsignals_1.36.0.tar.gz信号
Windows二进制	bamsignals_1.36.0.zip按钮（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	bamsignals_1.36.0.tgz
macOS二进制（arm64）	bamsignals_1.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/bamsignals
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bamsignals网站/
包短Url	https://bioductor.org/packages/bamsignals（https://bioductor.org/packages/bamsignals）/
软件包下载报告	下载统计信息