微生物

交互式微生物组分析工具包

生物导体版本：释放（3.19）

animalcules是一个R包，用于利用最新的数据分析、可视化方法和机器学习模型，为用户提供易于使用的交互式微生物组分析框架。它可以用作独立的软件包，也可以使用附带的交互式R Shiny应用程序来探索他们的数据。传统的微生物组分析（如α/β多样性和差异丰度分析）得到了加强，而生物标记物识别等新方法则由微生物引入。由微生物生成的强大的交互式动态图形使用户能够更好地理解其数据并发现新的见解。

作者：杰西卡·麦克林托克[cre]，岳照[aut]，安东尼·费德里科[aut]，W.Evan Johnson[aut]

维护人员：杰西卡·麦克林托克（Jessica McClintock）<Jessica.McClintock at rutgers.edu>

引文（从R中输入引文（“微生物”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“微生物”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“小动物”）

微生物	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	新闻报道,基因组,微生物组,软件,可视化
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.3.0）
进口	猿,断言,插入符号,冠状病毒,DESeq2公司,数字播放器,DT公司,对于猫,gg力,ggplot2,GUniFrac公司,格子,利马,马格里特,矩阵、方法、，多重分析实验,巧妙地,伦特斯,重塑2,ROCit公司,S4载体(>= 0.23.19),规模,闪亮的,闪耀（shinyjs），统计，总结性实验,易怒的,第三年,坦桑尼亚先令,乌玛，实用程序，素食主义者,XML格式
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/wejlab/animalcules网站
错误报告	https://github.com/wejlab/animalcules/issues

建议	仿生风格,生物格式,开发工具,格尔姆奈特,针织物,rmarkdown公司,测试那个,用这个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	MetaScope（元作用域）
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	微生物_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	animalcules_1.20.0.zip
macOS二进制（x86_64）	微生物_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	微生物_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/animalcules网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/微生物
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/animalcules网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/animalcules网站/
软件包下载报告	下载统计信息