旅行者号
从地理空间到空间经济学
生物导体版本:释放(3.19)
空间特征实验(SFE)是一个新的S4类,用于处理空间单细胞基因组学数据。旅行者软件包实现了SFE的基本探索性空间数据分析(ESDA)方法。单变量方法包括单变量全局空间ESDA方法,如Moran I、Moran I的置换测试和相关图。双变量方法包括Lee的L和交叉变异函数。多元方法包括MULTISPATI PCA和Anselin最近开发的多元局部Geary’s C。Voyager包还实现了绘制SFE数据和ESDA结果的绘图功能。
作者:兰达·摩西[aut,cre],Alik Huseynov[aut],凯拉·杰克逊,劳拉·卢伯特,Lior Pachter[aut,rev]
维护人员:Lambda Moses<caltech.edu的dlu2
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“旅行者”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“旅行者”)
细节
生物视图 |
基因表达式,软件,空间,转录组学,可视化 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.2.0),空间特征实验(>= 1.5.2) |
进口 |
生物并行,咆哮,gg新闻量表,ggplot2(>=3.4.0),gr设备,网格,生命周期,矩阵,矩阵统计,迷因、方法、,拼凑,爱尔兰航空公司,R光谱,S4载体,规模,科学技术委员会,平方英尺,单细胞实验,空间实验,spdep公司,统计,总结性实验,特拉,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/pacterlab/voyager(网址:https://github.com/pacterlab/voyager) |
错误报告 |
https://github.com/pachterlab/voyager/issues网站 |
查看更多
建议 |
自动映射,BiocSingular公司,仿生风格,奶牛场,EB图像,实验中心,ggh4倍,谷胱甘肽转移酶,己糖,针织物,情势图,RBio格式,rhdf5型,rmarkdown公司,散射,散射孔,尖叫声,sfarrow公司,SFE数据,测试那个(>= 3.0.0),vdiffr公司,房间,xml语言2 |
链接到 |
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增强功能 |
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空间特征实验 |
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程序包档案
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