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视频IO

从10X Space Ranger管道导入Visium数据


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包允许用户轻松导入从10X网站或Space Ranger管道获取的空间数据。支持的格式包括tar.gz、h5和mtx文件。使用*List类型的函数可以一次导入多个文件。该包主要将数据表示为SpatialExperiment对象。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut,cre]

维护人员:马塞尔·拉莫斯<Marcel.Ramos at roswellpark.org>

引文(从R中输入引文(“VisiumIO”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“VisiumIO”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“VisiumIO”)
VisiumIO快速入门指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,基础设施,单个单元格,软件,空间
版本 1.0.0
在生物导体中 生物C 3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.4.0),TENxIO公司
进口 BiocBaseUtils公司,生物遗传学,生物IO,jsonlite公司、方法、,S4载体,空间实验,总结性实验
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/waldronlab/VisiumIO
错误报告 https://github.com/waldronlab/VisiumIO/issues
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建议 仿生风格,针织物,rmarkdown公司,小测试
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 视觉IO_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 访问IO_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) 视觉IO_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) 视觉IO_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VisiumIO
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/VisiumIO
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/VisiumIO网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/VisiumIO/
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