VCF阵列

将磁盘上/远程VCF文件表示为类似阵列的对象

生物导体版本：释放（3.19）

VCFArray扩展了DelayedArray，将VCF数据项表示为类似阵列的对象，并以磁盘/远程VCF文件作为后端。来自VCF文件的数据条目，包括信息字段、FORMAT字段和固定列（REF、ALT、QUAL、FILTER），可以转换为具有不同维度的VCFArray实例。

作者：钱柳[aut，cre]，马丁·摩根[aut]

维护人员：钱刘（Qian Liu）<qliu7 at buffal.edu>

引文（从R中输入引文（“VCFArray”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“VCF阵列”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“VCF阵列”）

VCF阵列：具有磁盘/远程VCF后端的DelayedArray对象	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

生物视图	数据表示,基础设施,排序,软件,变体注释
版本	1.20.0
在生物导体中	生物技术3.9（R-3.6）（5.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.6），方法，生物遗传学,DelayedArray（延迟阵列）(>= 0.7.28)
进口	工具，基因组范围,变体注释(>= 1.29.3),基因组文件(>= 1.17.3),S4载体(>= 0.19.19),Rsamtools软件
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Liubuntu/VCFArray
错误报告	https://github.com/Liubuntu/VCFArray/issues网站

建议	SeqArray（序列阵列）,仿生风格,生物技术经理,测试那个,针织物,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	VCF阵列_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	VCF阵列_1.20.0.zip
macOS二进制（x86_64）	VCF阵列_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	VCF阵列_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VCF阵列
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：程序包/VCF阵列
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VCF阵列/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/VCF阵列/
软件包下载报告	下载统计信息