特朗科

TRONCO，翻译ONCOlogy的R包

生物导体版本：释放（3.19）

TRONCO（TRanslational ONCOlogy）R软件包收集算法，通过Suppes Bayes因果网络的方法，从肿瘤集合（横截面样本）和单个患者（多区域或单细胞样本）中推断进展模型。该软件包提供了处理二进制矩阵的算法的并行实现，其中每一行代表一个肿瘤样本，每一列代表一个单核苷酸或驱动进展的结构变体；0/1值表示样本中是否存在这种变化。该工具可以从普通、MAF或GISTIC格式的文件导入数据，并可以从癌症基因组学的cBioPortal获取数据。提供了数据操作和可视化功能，以及将此类数据导入/导出到其他生物信息学工具的功能，例如聚类或检测互斥变化。通过引导和交叉验证，可以可视化和测试推断模型的可信度。TRONCO用于实施癌症推断管道（PICNIC）。

作者：马可·安东尼奥蒂[ctb]，朱利奥·卡拉瓦格纳[aut]，卢卡·德萨诺[cre，aut]、亚历克斯·格劳登齐【aut】、吉安卡洛·毛里【ctb】、巴德·米什拉【ctb）、丹尼尔·拉马佐蒂【aut）

维护人员：卢卡·德萨诺（Luca De Sano）<Luca.desano at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“TRONCO”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“TRONCO”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“TRONCO”）

数据操作	HTML格式	R脚本
数据可视化	HTML格式	R脚本
f1_简介.html	HTML格式	R脚本
从其他工具导入/导出	HTML格式	R脚本
正在加载数据	HTML格式	R脚本
模型推断	HTML格式	R脚本
重建后	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	贝叶斯主义者,生物医学信息学,群集,数据导入,图形和网络,免疫肿瘤学,网络,网络推理,单个单元格,软件,体细胞突变
版本	2.36.0
在生物导体中	生物技术3.1（R-3.2）（9年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.1.0）
进口	bn学习,Rgraphviz公司,gtools（工具），平行，foreach公司,do并行,迭代器,R彩色啤酒,绕圈子,记录仪，网格，额外网格,xtable的,gtable表,规模,R.matlab公司，grDevices，图形，stats，utils，方法
系统要求
统一资源定位地址	https://sites.google.com/site/troncopackage网站包/
错误报告	https://github.com/BIMIB-DISCo/TRONCO

建议	生物遗传学,仿生风格,测试那个,针织物,rWikiPathways（维基路径）,魔法
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	TRONCO_2.36.0.tar.gz公司
Windows二进制	TRONCO_2.36.0.zip公司
macOS二进制（x86_64）	TRONCO_2.36.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	TRONCO_2.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TRONCO
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/TRONCO
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TRONCO网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TRONCO/
软件包下载报告	下载统计信息