SimFFPE公司

FFPE组织NGS读取模拟器

生物导体版本：释放（3.19）

来自FFPE（Formalin-Fixed石蜡嵌入）样本的NGS（Next-Generation Sequenting）读取包含大量伪影嵌合体读取（ACRS），这可能导致假阳性结构变量调用。这些ACR是由两个单链DNA（ss-DNA）片段与短反向互补区（SRCR）组合而成的。该软件包模拟了这些伪影嵌合体读取以及FFPE样本在整个基因组/多条染色体/大区域上的正常读取。

作者：魏兰英[aut，cre]

维护人员：魏兰英（Lanying Wei）在uni-muenster.de>

引文（从R中输入引文（“SimFFPE”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SimFFPE”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“SimFFPE”）

SimFFPE简介	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	对齐,数据导入,多重比较,序列匹配,排序,软件
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年）
许可证	LGPL-3型
取决于	生物串
进口	数字播放器,foreach公司,do并行,树干规范,基因组范围,I范围,Rsamtools软件，并行，图形，统计，实用程序，方法
系统要求
统一资源定位地址

建议	生物风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	SimFFPE_1.16.0.tar.gz公司
Windows二进制	SimFFPE_1.16.0.zip软件
macOS二进制（x86_64）	SimFFPE_1.16.0.tgz型
macOS二进制（arm64）	SimFFPE_1.16.0.tgz型
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SimFFPE
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/SimFFPE
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SimFFPE网址/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SimFFPE/
软件包下载报告	下载统计信息