SIMLR接口

基于多核学习（SIMLR）的单核解释

生物导体版本：释放（3.19）

单细胞RNA-seq技术能够高通量测量单个细胞的基因表达，并允许发现细胞群体内的异质性。细胞间基因表达相似性的测量对于细胞群体的识别、可视化和分析至关重要。然而，由于高水平的噪声、离群值和缺失，单细胞数据给传统的基因表达相似性度量带来了挑战。我们开发了一个新的相似性学习框架SIMLR（Single-cell Interpretation via Multi-kernel learning），它从数据中学习适当的距离度量，用于降维、聚类和可视化。

作者：丹尼尔·拉马佐蒂，Bo Wang[aut]，Luca De Sano[cre，aut]，塞拉菲姆·巴佐格鲁

维护人员：卢卡·德萨诺（Luca De Sano）<Luca.desano at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“SIMLR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“SIMLR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“SIMLR”）

介绍	HTML格式	R脚本
运行SIMLR	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	群集,基因表达式,免疫肿瘤学,排序,单个单元格,软件
版本	1.30.0
在生物导体中	生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年）
许可证	文件许可证
取决于	R（>=4.1.0）
进口	平行，矩阵，统计数据，方法，卢比,普拉克马,Rcpp讨厌,R光谱
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
错误报告	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR网站

建议	生物遗传学,仿生风格,测试那个,针织物,记录仪
链接到	卢比
增强功能
取决于我
导入我	ccImpute（计算）
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	SIMLR_1.30.0.tar.gz型
Windows二进制	SIMLR_1.30.0.zip卡
macOS二进制（x86_64）	SIMLR_1.30.0.tgz
macOS二进制（arm64）	SIMLR_1.30.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMLR网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/SIMLR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SIMLR网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SIMLR网站/
软件包下载报告	下载统计信息