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RCX公司

实现Cytoscape Exchange(CX)格式的R包


生物导体版本:释放(3.19)

创建、处理、验证、可视化Cytoscape交换(CX)格式的网络,并将其转换为标准数据类型和对象。该包还提供了iGraph和graphNEL对象之间的转换。NDEx平台、生物网络的在线公共资源以及网络可视化软件Cytocape也使用CX格式。

作者:弗洛里安·奥尔[aut,cre]

维护人员:弗洛里安·奥尔(Florian Auer)<弗洛里安·阿埃尔(Florian.Auer)at informatik.uni-augsburg.de>

引文(从R中输入引文(“RCX”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“RCX”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“RCX”)
01.RCX-实现Cytoscape Exchange(CX)格式的R包 HTML格式 R脚本
02.从头开始创建RCX HTML格式 R脚本
03.扩展RCX数据模型 HTML格式 R脚本
附录:RCX和CX数据模型 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 数据导入,网络,路径,软件
版本 1.8.0
在生物导体中 生物柴油3.15(R-4.2)(2年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.2.0)
进口 jsonlite公司,普利尔,记录仪,方法
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/frankkramer-lab/RCX
错误报告 https://github.com/frankkramer-lab/RCX/问题
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 RCX_1.8.0.tar.gz型
Windows二进制 RCX_1.8.0.zip型(仅64位)
macOS二进制(x86_64) RCX_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64) RCX_1.8.0.tgz型
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCX
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/RCX
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/RCX网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/RCX/
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