甲基援助

大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制


生物导体版本:释放(3.19)

使用RStudio闪亮软件包的可视化交互式web应用程序。使用阵列上的sample-dependent和sample-independent控件以及用户可调整的阈值检测质量较差的样本。使用阵列上质量控制探针的多个交互式诊断图,可以对质量较差的样本进行深入探索。此外,可以探索用户提供的任何批处理效果的影响。

作者:马滕·范·伊特森(aut,cre)、埃尔马尔·托比(Elmar Tobi)、罗德里克·斯利克(Roderick Slieker)、沃特·登·霍兰德(Wouter den Hollander)、雷内·路易克(Rene Luijk)和巴斯·海杰曼斯(Bas Heijmans)

维护人员:L.J.Sinke<lumc.nl的L.J.Sinke>

引文(从R中输入引文(“甲基援助”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“甲基援助”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“甲基援助”)
甲基辅助:Illumina人类DNA甲基化阵列数据的可视化和交互式质量控制 PDF格式 R脚本
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新闻 文本

细节

生物视图 BatchEffect(批次效果),脱氧核糖核酸甲基化,图形用户界面,甲基化阵列,微阵列,质量控制,软件,双通道,可视化
版本 1.38.0
在生物导体中 生物技术3.0(R-3.1)(10年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=3.4)
进口 博科生物,生物并行,生物遗传学,ggplot2,网格,网格底部,gr设备,图形,己糖,矩阵统计,米菲(>=1.22.0),方法,R彩色啤酒,闪亮的,统计,总结性实验,实用程序
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程序包档案

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源程序包 甲基艾滋病_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 甲基艾滋病_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64) 甲基艾滋病_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64) 甲基艾滋病_1.38.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/甲基援助
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/甲基援助
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MethylAid网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/甲基援助/
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