甲基援助
大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制
生物导体版本:释放(3.19)
使用RStudio闪亮软件包的可视化交互式web应用程序。使用阵列上的sample-dependent和sample-independent控件以及用户可调整的阈值检测质量较差的样本。使用阵列上质量控制探针的多个交互式诊断图,可以对质量较差的样本进行深入探索。此外,可以探索用户提供的任何批处理效果的影响。
作者:马滕·范·伊特森(aut,cre)、埃尔马尔·托比(Elmar Tobi)、罗德里克·斯利克(Roderick Slieker)、沃特·登·霍兰德(Wouter den Hollander)、雷内·路易克(Rene Luijk)和巴斯·海杰曼斯(Bas Heijmans)
维护人员:L.J.Sinke<lumc.nl的L.J.Sinke>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“甲基援助”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“甲基援助”)
细节
生物视图 |
BatchEffect(批次效果),脱氧核糖核酸甲基化,图形用户界面,甲基化阵列,微阵列,质量控制,软件,双通道,可视化 |
版本 |
1.38.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.0(R-3.1)(10年) |
许可证 |
GPL(>=2) |
取决于 |
R(>=3.4) |
进口 |
博科生物,生物并行,生物遗传学,ggplot2,网格,网格底部,gr设备,图形,己糖,矩阵统计,米菲(>=1.22.0),方法,R彩色啤酒,闪亮的,统计,总结性实验,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
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